자를 자리를 양 끝에 두려 했는데 한가운데에도 있으면, 조각이 토막납니다.
종이 한 장의 양 끝을 자르려고 가위질 표시를 해 뒀다고 합시다.
그런데 종이 한가운데에도 똑같은 표시가 있으면 어떻게 될까요.
가위는 표시를 전부 따릅니다. 두 토막을 기대했는데 세 토막이 나옵니다.
그리고 우리가 원하던 긴 조각은 존재하지 않습니다.
자를 자리 n 개 → 조각 n + 1 개 (직선일 때)
예시 서열입니다 — 논문은 실제 서열을 싣지 않았습니다. 보려는 것은 자리 개수와 조각 개수의 관계입니다.
피할 수 있는 까닭 — 코돈에는 여유가 있다
같은 아미노산을 적는 방법이 여러 가지입니다. 예를 들어 글리신은
GGT · GGC · GGA · GGG 넷 중 아무거나 쓸 수 있습니다.
그래서 단백질은 그대로 두고 DNA 글자만 바꾸는 것이 가능합니다.
어쩌다 GGATCC 가 생겼다면, 그 자리 코돈 하나를 동의어로 바꿔
GGTTCC 로 만들면 됩니다. 단백질은 한 글자도 안 바뀝니다.
바꿔도 되는 것
DNA 글자 — 같은 아미노산을 적는 다른 방법이 있습니다
바꾸면 안 되는 것
아미노산 차례 — 그것이 곧 에피토프이고, III 권이 고르느라 애쓴 것입니다
다만 공짜는 아닙니다. 코돈을 바꾸면 CAI 와 이차 구조가 조금씩 움직입니다.
IV 권의 최적화가 흔들린다는 뜻입니다. 그래서 처음부터 피하는 쪽이 낫습니다.
직선과 고리는 세는 법이 다르다
조각 개수를 셀 때 한 가지만 조심하면 됩니다 —
자르는 것이 직선인가 고리인가.
직선 (삽입체)
자를 자리 n 개 → 조각 n + 1 개
양 끝이 이미 끊겨 있기 때문입니다
고리 (벡터)
자를 자리 n 개 → 조각 n 개
한 번 잘라도 조각은 하나(직선이 될 뿐)입니다
벡터를 두 군데 자르면 조각이 둘입니다 — 긴 뼈대와 짧은 토막.
8강의 산수가 여기서 시작됩니다.
내부 자리를 없애는 두 가지 길
길 1 — 서열을 바꾼다
코돈을 동의어로 갈아 그 여섯 글자를 없앱니다.
논문이 간 길입니다 — Step 4 에서 미리 피했습니다.
길 2 — 효소를 바꾼다
삽입체에 없는 다른 효소를 고릅니다.
서열은 안 건드려도 되지만, 조건 셋을 다시 맞춰야 합니다.
길 2 가 쉬워 보이지만 그렇지 않습니다. 새 효소도 MCS 안에 있어야 하고,
짝이 안 맞는 말단을 만들어야 하고, 되도록 여섯 글자여야 합니다(10강).
조건 셋을 동시에 만족하는 효소는 생각보다 적습니다.
이 강에서 정해진 것
정한 것은 하나입니다 — 삽입체 안에 BamHI·XhoI 자리를 0 개로 둔다.
다르게 정했다면 무엇이 뒤집힐까요. 내부 자리를 하나라도 남겨 두면
5강에서 공들여 세운 방향성 클로닝이 통째로 무의미해집니다 —
방향을 정해 봐야 끼울 조각 자체가 없기 때문입니다.
앞 강의 설계는 이 강의 조건이 지켜질 때만 값을 한다
🤔 확인 문제
삽입체 안에 GGATCC 가 하나 숨어 있으면?
해설 자를 자리가 3 군데면 조각은 4 개입니다. 우리가 원하던 양 끝만 잘린 긴 조각은 아예 생기지 않습니다.
🤔 확인 문제
내부 자리를 없앨 수 있는 까닭은?
해설 코돈의 여유(중복성) 덕분입니다. 다만 코돈을 바꾸면 CAI 와 이차 구조가 움직이므로 Step 4 에서 처음부터 피하는 것이 낫습니다.