Lesson 9 of 20
SnapGene 절차 — 몇 번 누르고, 한 번 뒤집는다
Step 5 · Actions → Restriction and Insertion Cloning → Insert Fragment
앞의 여섯 강에서 정할 것은 다 정했습니다. 이제 도구에 시킵니다. 논문이 적은 절차는 짧습니다.
1) 벡터 파일을 SnapGene 에서 연다
2) 최적화한 삽입체를 따로 열고, 벡터와 삽입체 둘 다 제한효소 분석을 돌린다
3) BamHI (GGATCC) 와 XhoI (CTCGAG) 를 고른다
- 다중클로닝부위에 있는가
- 방향성 클로닝이 되는가
- 삽입체 안에 그 자리가 없는가
4) 삽입체의 5′ 끝에 BamHI, 3′ 끝에 XhoI 를 붙인다
5) 벡터와 삽입체를 둘 다 두 효소로 자른다 (가상 소화)
6) Actions → Restriction and Insertion Cloning → Insert Fragment
7) 방향 경고가 뜨면 조각을 뒤집는다
일곱 걸음이 하는 일을 세 덩이로 묶으면
가장 실수하기 쉬운 곳은 5번입니다 — 둘 다 자르라는 말이 쉽게 잊힙니다. 벡터만 자르고 삽입체를 안 자르면 점착말단이 안 생겨 붙지 않습니다.
경고가 안 뜨는 것이 안전하다는 뜻은 아니다
여기가 도구를 쓸 때 늘 되풀이되는 함정입니다.
경고가 잡아 주는 것
조각이 거꾸로 들어가려 하는 것
경고가 안 잡아 주는 것
읽기 틀이 어긋난 것 · 내부에 종결코돈이 생긴 것 ·
전체 크기가 예상과 다른 것 — 전부 우리가 따로 확인해야 합니다
그래서 다음 강에서 확인 항목 넷을 따로 돌립니다. 도구가 조용하다고 끝난 게 아닙니다.
도구가 해 주는 것과 내가 정해야 하는 것
SnapGene 이 해 주는 것
자리 찾기 · 자르는 시늉 · 이어 붙이기 ·
지도 다시 그리기 · 방향 경고
내가 정해야 하는 것
어느 효소를 쓸지 · 어느 끝에 무엇을 붙일지 ·
경고가 떴을 때 뒤집을지 말지 · 결과를 믿을지 검산할지
앞의 여섯 강이 오른쪽 칸을 채우는 작업이었습니다. 오른쪽이 비어 있으면 왼쪽을 아무리 잘 눌러도 소용이 없습니다.
이 절차가 짧은 까닭
논문의 Step 5 클로닝 부분은 한 문단 남짓입니다. 짧아서 시시해 보이지만, 짧은 것이 이 걸음의 성질입니다.
정할 것은 앞에서 다 정했고, 여기서는 실행만 한다
그리고 실행이 끝난 뒤에 할 일이 하나 남습니다 — 도구가 낸 결과를 믿지 말고 확인하는 것입니다. 다음 강입니다.
다르게 정하면 무엇이 뒤집히나
| 만약 | 무슨 일이 생기나 |
|---|---|
| 벡터만 자르고 삽입체를 안 자르면 | 점착말단이 안 맞아 붙지 않는다 |
| 방향 경고를 무시하면 | 조각이 거꾸로 들어간다 (5강) |
| 효소를 하나만 쓰면 | 방향이 반반이고 벡터가 자가결합한다 |
| 확인 넷을 건너뛰면 | 틀이 밀려도 모르고 지나간다 (10강) |
🤔 Check yourself
SnapGene 절차에서 가장 잊기 쉬운 걸음은?
Answer 한쪽만 자르면 점착말단이 짝을 이루지 못해 이어지지 않습니다. 논문도 "벡터와 삽입체 둘 다" 를 두 번 강조합니다.
🤔 Check yourself
방향 경고가 안 떴다면 무슨 뜻인가요?
Answer 경고는 자기가 보는 것만 봅니다. 도구가 조용한 것과 구조체가 옳은 것은 다릅니다 — 10강의 확인 넷이 그래서 필요합니다.