20. 시약표 한 장과, 논문이 적지 않은 것 · Dr. Yoo's mRNA Synthesis Reagents, First Steps

스무 강을 한 표로 접습니다. 왼쪽은 논문이 적은 것, 오른쪽은 적지 않은 것입니다.

적혀 있어서 그대로 쓸 수 있는 것

· 효소량 — LA Taq 10 U · DNase 10 U · E-PAP 40 U
· rNTP 최종 농도 — 1.875 / 0.225 mM
· 캡 유사체 0.375 mM
· MnCl₂ 2.5 mM · ATP 1 mM
· 완충액 셋의 Tris · EDTA · 소금 농도
· RNase 억제제 0.5 U/µL
· 온도와 시간 전부 (30 · 37 · 65 °C / 15분 · 45분 · 1시간 · 2시간)
· 유량비 300 : 900 µL/min
· 세포 조건 — 3×10⁵ cells/well · 1 µg/well · 24시간

적혀 있지 않아 재현할 수 없는 것

· 카탈로그 번호 전부 (제조사만 있다)
· 프라이머 서열과 비오틴을 어느 쪽에 달았는지
· 캡 유사체의 종류 — ARCA 인지 보통 캡인지
· 지질의 이름 · 몰비 · N/P 비
· 자성 비드를 얼마나 넣었는지
· 모든 저장액 농도
· 완충액 속 Mg²⁺ 농도 (제품에 들었다)
· 젤 염색약
· FBS 배치
· dNTP 가 200 nM 인지 200 µM 인지

시약을 골라 보세요. 그 줄이 재현 가능한지, 무엇이 비어 있는지 알려 줍니다.

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시약표의 빈칸을 세어 재현 가능성을 숫자로 만듭니다. 논문 읽기에 바로 쓸 수 있는 방법입니다.

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# 시약표를 점수로 — 재현에 필요한 칸이 몇 %% 채워져 있나
import pandas as pd

# 칸: 이름 / 농도-양 / 제조사 / 카탈로그번호 / 저장액농도
rows = [
    ("LA Taq",            1, 1, 1, 0, 0),
    ("10x Taq 완충액",     1, 0, 1, 0, 0),
    ("dNTP",              1, 1, 0, 0, 0),
    ("프라이머",           0, 1, 1, 0, 0),
    ("주형 DNA",           1, 1, 0, 0, 0),
    ("스트렙타비딘 비드",   1, 0, 1, 0, 0),
    ("T7 혼합",            1, 1, 1, 0, 0),
    ("rNTP",              1, 1, 0, 0, 0),
    ("캡 유사체",          0, 1, 1, 0, 0),
    ("RQ1 DNase",         1, 1, 1, 0, 0),
    ("E-PAP",             1, 1, 1, 0, 0),
    ("MnCl2 / ATP",       1, 1, 0, 0, 0),
    ("oligo d(T)25 비드",  1, 1, 1, 0, 0),
    ("RNase 억제제",       0, 1, 0, 0, 0),
    ("지질 벡터",          0, 0, 0, 0, 0),
    ("에탄올",             1, 0, 0, 0, 0),
    ("아가로스 / 염색약",   0, 0, 0, 0, 0),
    ("RNA 6000 래더",      1, 0, 1, 0, 0),
    ("DMEM / FBS / 항생제", 1, 1, 1, 0, 0),
]
cols = ["시약", "이름", "농도·양", "제조사", "카탈로그", "저장액"]
df = pd.DataFrame(rows, columns=cols)
df["채움"] = df[cols[1:]].sum(axis=1)
print(df.to_string(index=False))
print()
filled = df[cols[1:]].to_numpy().sum()
total = df.shape[0] * 5
print("전체 %d 칸 가운데 %d 칸이 채워져 있다 → %.0f%%" % (total, filled, filled / total * 100))
print()
print("칸별로 보면:")
for c in cols[1:]:
    print("  %-8s %2d / %2d" % (c, df[c].sum(), df.shape[0]))
print()
print("카탈로그 번호와 저장액 농도는 한 칸도 없다.")
print("이 두 열이 비면 '같은 결과' 가 아니라 '비슷한 결과' 까지만 기대할 수 있다.")

시약 쪽에서 배운 다섯 줄

#	배운 것	어디서
1	물도 시약이다. 물 · 튜브 · 표면은 서로 다른 방법으로 다룬다	2강
2	U 는 시간이 든 단위다. 효소가 모자라는지는 시간과 함께 따진다	3 · 6 · 14강
3	옆줄과 견주면 오기가 보인다. 같은 200 nM 이 한쪽만 어긋났다	7 · 8강
4	금속 하나가 공정을 가른다. Mg 셋, Mn 하나, 그리고 EDTA	4 · 6 · 12 · 15강
5	자가 못 보는 것은 결론에 못 쓴다. 양은 믿을 만하고 품질은 아니다	13 · 16 · 18강

그리고 이 강의가 스무 강 동안 되풀이한 한 줄입니다.

적지 않은 것은 재현할 수 없고, 재지 않은 것은 말할 수 없다

다음은 기계입니다. 같은 논문을 장치 쪽에서 보려면 /msyn 으로, 흐름 방식의 시약 배치를 보려면 /msyn2 로, 두 기계를 견주려면 /msyn3 으로 가면 됩니다.

🤔 Check yourself

시약표에서 카탈로그 번호 열이 비어 있을 때 가장 정확한 판단은?

🤔 Check yourself

이 강의의 결론으로 말할 수 없는 것은?

🤔 Check yourself

이 강의를 마치고 다른 논문을 읽을 때 가장 먼저 해 볼 일은?