Lesson 7 of 20
dNTP 200 nM — 단위 하나가 천 배다
Wei 2023 · Experimental section “PCR” — dNTP Mixture (200 nM each)
이 강의에서 가장 조심스럽게 다뤄야 하는 한 줄입니다.
dNTP Mixture (200 nM each)
dNTP 는 DNA 의 재료입니다 — dATP · dTTP · dGTP · dCTP 넷. 그런데 200 nM 은 통상 PCR 처방과 천 배 다릅니다. 교과서와 제조사 처방은 거의 예외 없이 각 200 µM 입니다.
nM 인가 µM 인가 — 이 한 글자가 반응의 천장을 정한다
어느 쪽이 맞는지 우리는 알 수 없습니다. 우리가 할 수 있는 일은 두 경우를 각각 계산해 보고, 어느 쪽이 논문의 나머지 숫자와 맞는지 보는 것입니다.
두 경우를 계산해 두고, 30 사이클이라는 다른 숫자와 견줍니다. 결론이 하나로 좁혀집니다.
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왜 하필 200 µM 인가 — 통상값에도 이유가 있다
4강의 EDTA, 6강의 Mg, 여기의 dNTP — 같은 Mg²⁺ 를 두고 셋이 다툽니다. 시약표를 한 줄씩 따로 읽으면 안 보이고, 함께 놓으면 보입니다.
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논문에 적힌 200 nM 을 그대로 쓰면 DNA 산물의 최대 질량은 얼마인가? (200 µL 기준)
Answer 200 nM × 200 µL × 4 종 × 330 g/mol ≈ 53 ng 입니다. 주형 4.8 ng 의 열한 배입니다. 그 정도를 얻으려고 30 사이클을 돌리지는 않습니다.
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dNTP 를 통상값보다 크게 올리면 반응이 나빠지는 까닭은?
Answer dNTP 는 인산 셋을 가진 Mg 킬레이터이기도 합니다. 그래서 dNTP 와 Mg 는 따로 정할 수 없습니다.