11. “T7 중합효소 혼합 20 µL” — 단위가 U 가 아니라 부피다

IVT 단락의 첫 줄입니다.

The IVT reaction mix contained 20 µL of T7 polymerase enzyme mix (Promega);
5× buffer; …

앞에서는 효소를 10 U, 40 U 처럼 활성으로 적었습니다. 여기서는 20 µL — 부피입니다. 이 차이가 뜻하는 것은 하나입니다.

“enzyme mix” 는 한 가지 효소가 아니다

혼합 안에 흔히 들어 있는 것들

성분	하는 일	이 논문에서
T7 RNA 중합효소	RNA 를 쓴다	몇 U 인지 모른다
무기 파이로인산분해효소	반응이 만든 파이로인산을 치운다 — 억제를 막는다	들었는지 모른다
RNase 억제제	산물을 지킨다	들었는지 모른다
안정화제 (글리세롤 등)	효소를 보관한다	부피의 절반쯤일 수 있다

이것이 제품을 사서 쓰는 일의 실제입니다. 편리함과 재현성을 맞바꿉니다. 편리한 쪽에 서면 “20 µL 를 넣었다” 로 방법이 끝나고, 재현하려는 사람은 같은 제품을 사는 것 말고 방법이 없습니다.

혼합 부피와 5× 완충액을 밀어 보세요. 200 µL 통 안에서 무엇이 자리를 얼마나 차지하는지 보여 줍니다.

불러오는 중…

반응통의 조성 가운데 얼마를 논문에서 알 수 없는지 부피로 세어 봅니다.

Python 브라우저에서 실행

# 200 µL 통에서 '내가 정한 것' 과 '제품이 정한 것' 의 비율
V = 200.0
t7_mix = 20.0
buf = V / 5.0                    # 5x → 1/5 부피

by_product = t7_mix + buf        # 조성을 제품이 정하는 부피
by_me = V - by_product           # 내가 농도를 정하는 부피

print("전체 %.0f µL" % V)
print("  제품이 조성을 정하는 부피: %.0f µL  (%.0f%%)" % (by_product, by_product / V * 100))
print("    - T7 혼합     %.0f µL" % t7_mix)
print("    - 5x 완충액   %.0f µL" % buf)
print("  내가 정하는 부피:         %.0f µL  (%.0f%%)" % (by_me, by_me / V * 100))
print()
print("즉 이 반응의 조성 가운데 절반 가까이는 논문을 읽어도 알 수 없다.")
print()
# 5x 완충액이 1x 로 희석되면서 함께 들어오는 것들 (통상 조성, 논문에 없음)
print("5x T7 완충액에 흔히 들어 있는 것 (가정 — 논문에 조성 없음)")
for name, c5 in (("Tris-HCl", 200.0), ("MgCl2", 30.0), ("스페르미딘", 10.0), ("DTT", 50.0)):
    print("  %-10s 5x %6.1f mM → 반응 중 %6.1f mM" % (name, c5, c5 / 5.0))
print()
print("MgCl2 가 여기서 다시 나온다 — 4·6·7강의 Mg 이야기가 IVT 에서도 이어진다.")

🤔 확인 문제

논문이 T7 을 “20 µL” 로 적은 것에서 가장 정확히 읽을 수 있는 것은?

🤔 확인 문제

T7 RNA 중합효소가 시험관 전사에 쓰이는 성질로 알맞지 않은 것은?