13. 캡 유사체 0.375 mM — 이름이 적히지 않은 시약 · Dr. Yoo's mRNA Synthesis Reagents, First Steps

논문에 적힌 것은 이만큼입니다 — 0.375 mM cap analog (Promega). 농도와 제조사뿐이고, 어느 캡인지는 없습니다.

왜 그것이 문제인지 알려면 캡이 하는 일을 먼저 봐야 합니다.

🪪

신분증

세포는 캡을 보고 “내 mRNA” 로 알아봅니다. 캡이 없으면 선천면역 감지기가 남의 것으로 봅니다

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번역 시작 스위치

번역 개시 인자(eIF4E)가 캡에 붙어 리보솜을 불러옵니다. 캡이 없으면 번역이 거의 안 됩니다

🛡️

뚜껑

5′ 끝을 막아 분해효소가 물지 못하게 합니다

캡과 rGTP 의 비율을 밀어 보세요. 씌워질 비율과, 거꾸로 달릴 확률을 함께 보여 줍니다.

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“어느 캡인지” 가 왜 중요한가 — 세 가지가 다르다

캡	특징	결과
m⁷G(5′)ppp(5′)G (보통 캡)	싸다	3분의 1쯤이 거꾸로 달린다 — 번역이 안 되는 산물
ARCA (항역방향 캡)	한쪽 —OH 를 막았다	거꾸로 달릴 수 없다 — 방향이 정해진다
CleanCap 류 (개시자형)	세 염기를 함께 넣는다	효율이 높고 캡1 구조를 만든다

같은 “0.375 mM cap analog” 라도 어느 것을 썼는지에 따라 쓸 수 있는 mRNA 의 비율이 크게 달라집니다. 논문은 캡핑 효율을 재지 않았고, 어느 캡인지도 적지 않았습니다. 두 빈칸이 겹쳐 있습니다.

캡의 이름 하나가 빠진 대가를 숫자로 봅니다. 42% 와 63% 는 다른 이야기입니다.

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# 캡의 종류가 결과를 얼마나 흔드나 — 방향성만 넣어 본다
cap, gtp = 0.375, 0.225          # mM (논문)
p_cap_site = cap / (cap + gtp)   # 시작 자리를 캡이 차지할 확률(단순 경쟁 가정)

print("캡 : rGTP = %.3f : %.3f  →  시작 자리에 캡 %.1f%%" % (cap, gtp, p_cap_site * 100))
print()
print("여기에 '캡이 제대로 달렸나' 를 곱해야 실제로 쓸 수 있는 비율이 나온다.")
print()
rows = [("보통 캡 (역방향 1/3)", 0.667), ("ARCA", 1.0), ("CleanCap 류", 1.0)]
for name, forward in rows:
    usable = p_cap_site * forward
    print("  %-22s 올바른 방향 %.0f%%  →  쓸 수 있는 전사체 %.1f%%"
          % (name, forward * 100, usable * 100))
print()
print("같은 농도인데 결과가 42% 와 63% 로 갈린다.")
print("논문은 어느 캡인지 적지 않았다 — 그래서 이 표의 어느 줄인지 우리는 모른다.")
print()
print("가정: 경쟁이 농도비를 그대로 따르고, 역방향 비율을 1/3 로 잡았다. 논문 값이 아니다.")

🤔 Check yourself

캡 유사체의 종류를 논문에 적어야 하는 까닭으로 가장 알맞은 것은?

🤔 Check yourself

“공전사 캡핑” 을 고른 것이 이 장치에 맞는 까닭은?