4강 / 20강

Tris-HCl 과 EDTA — 물의 성질을 정해 두는 일

Wei 2023 · Experimental section — Tris 20 · 40 · 10 mM (pH 7.5) · EDTA 1 mM

Tris-HCl 과 EDTA — 물의 성질을 정해 두는 일
같은 Tris 가 세 번 나오는데 농도가 20 · 40 · 10 mM 로 다릅니다. 다를 이유가 있습니다.

이 논문에서 Tris-HCl 은 세 번, EDTA 는 세 번 나옵니다. 농도가 매번 다릅니다.

어디Tris-HClEDTA함께 든 소금
DNA 포획 완충액 (1 mL)20.0 mM · pH 7.51.0 mMNaCl 0.72 M
mRNA 결합 완충액 (100 µL)40.0 mM · pH 7.52.0 mM 을 3.2 µLLiCl 1.6 M
세척 완충액 (200 µL)10.0 mM · pH 7.51.0 mMLiCl 0.15 M

세 완충액의 pH 는 모두 7.5 입니다. 바뀌는 것은 세기입니다. 완충액의 농도는 “pH 를 얼마나 버틸 수 있게 잡아 주나” 를 정합니다.

Tris 의 아픈 자리 — 온도

Tris 는 pH 가 온도에 크게 흔들리는 완충제입니다. 대략 1 °C 오를 때 pH 가 0.028 씩 내려갑니다. 이 논문에는 65 °C 로 데우는 단계가 있습니다.

실온에서 맞춘 pH 7.5 는 65 °C 에서 pH 7.5 가 아니다

이것이 흠이라는 말이 아닙니다. 알고 써야 한다는 말입니다. 다음 py 셀에서 실제로 얼마나 움직이는지 재 봅니다.

온도 하나로 pH 가 어디까지 움직이는지 봅니다. 완충액은 상온 전용 부품이 아닙니다.
Python 브라우저에서 실행
Tris 농도와 온도를 밀어 보세요. 완충 용량과 실제 pH 가 함께 움직입니다.
불러오는 중…

EDTA — 금속을 데리고 나가는 시약

EDTA 는 두 가지 금속이온을 집게처럼 붙잡는 분자입니다(킬레이터). 핵산을 다루는 완충액에 거의 항상 들어 있습니다. 이유는 둘입니다.

넣는 이유
· RNase 와 DNase 가운데 금속이 있어야 일하는 것들을 멈춘다
· Mg²⁺ 가 있으면 RNA 가 스스로 끊어지는 반응이 빨라진다 — 그걸 막는다
그런데 우리 효소도 금속을 쓴다
LA Taq 은 Mg²⁺, E-PAP 은 Mn²⁺ 가 있어야 돕니다. EDTA 가 너무 많으면 우리 효소를 끕니다

그래서 이 논문의 배치를 다시 보면 깔끔합니다. EDTA 는 붙잡고 씻는 완충액에만 있고, 반응통(PCR · IVT · 꼬리)에는 없습니다. 15강에서 Mn²⁺ 와 EDTA 가 어떻게 부딪히는지 계산해 봅니다.

🤔 확인 문제
세척 완충액의 Tris 를 10 mM 로 낮춰 잡은 뜻을 가장 잘 읽은 것은?
🤔 확인 문제
EDTA 를 PCR 반응통에 넣으면 가장 먼저 생길 일은?