18. 재는 시약 — 젤 · 래더 · 배지도 시약이다 · Dr. Yoo's mRNA Synthesis Reagents, First Steps

지금까지는 만드는 시약이었습니다. 논문에는 재는 시약도 있습니다. 그림 하나하나가 어떤 시약에 기대고 있는지 봅니다.

그림	재는 데 쓴 시약	그래서 알 수 있는 것
Fig. 3c · 4d · 6b (젤)	1% 아가로스 TAE 젤 · DNA 마커	길이와 대략의 양
Fig. 4e · 6c	RNA Nano 6000 키트 · 열변성 RNA 6000 래더	길이 분포와 농도
Fig. 5b · 5c	(시약 없음 — DLS · TEM)	크기 · PDI · 모양
Fig. 5d	DMEM + 10% FBS + 1% 항생제 · HEK-293T	번역되는지 (정성)
Fig. 6d · 6e	β-actin 항체 · ImageJ	발현량 (반정량)

젤과 바이오분석기의 볼 수 있는 범위를 견줍니다. 같은 시료가 어디서는 보이고 어디서는 안 보입니다.

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“믿을 만한 숫자” 와 “자가 못 본 것” 을 가릅니다. 양은 믿을 만하고 품질은 아닙니다.

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# 같은 결론을 두 자로 재면 어디까지 같은가 — 검출 범위를 견준다 (통상값, 논문에 없음)
rows = [
    ("아가로스 젤 + EtBr", 3.0,     "ng/레인", "길이 · 대략의 양", "±10~50%"),
    ("Bioanalyzer RNA Nano", 5.0,   "ng/µL",  "길이 분포 · 농도",  "±10~20%"),
    ("흡광 (A260)",         2.0,    "ng/µL",  "총 핵산량",        "종류를 못 가린다"),
]
print("%-22s %8s %-9s %-18s %s" % ("자", "검출한계", "단위", "볼 수 있는 것", "정확도"))
print("-" * 78)
for name, lod, unit, sees, acc in rows:
    print("%-22s %8.1f %-9s %-18s %s" % (name, lod, unit, sees, acc))
print()
print("논문의 수율 308 µg / 200 µL = 1540 ng/µL")
print("→ 어느 자로도 넉넉히 보이는 양이다. 그래서 '양' 은 믿을 만하다.")
print()
print("그런데 세 자 모두 못 보는 것이 있다:")
for x in ("캡이 씌워졌는지", "이중가닥 RNA 가 섞였는지", "서열이 맞는지", "효소가 남았는지"):
    print("   - " + x)
print()
print("자가 못 보는 것은 결론에 쓸 수 없다 — 20강의 표가 여기서 나온다.")
print()
print("주의: 위 검출한계는 통상값이고 논문에 적힌 값이 아니다.")

세포 배지도 시약이다

🍚

DMEM

당 · 아미노산 · 비타민 · 소금. 정해진 조성이라 재현이 됩니다

🐄

FBS 10%

소 태아 혈청. 조성이 정해져 있지 않습니다 — 배치마다 다릅니다. 논문에 배치 번호가 없습니다

💉

항생제 1%

페니실린 100 U/mL · 스트렙토마이신 100 µg/mL. 세균은 막지만 마이코플라스마는 못 막습니다

실험 결과를 흔드는 시약은 대개 조성이 정해지지 않은 것입니다. 이 논문에서는 FBS 와 지질(17강)이 그렇습니다. 둘 다 배치가 바뀌면 결과가 바뀔 수 있고, 둘 다 배치가 기록되어 있지 않습니다.

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논문이 RNA 래더를 열변성시켜 쓴 까닭은?

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젤 염색약이 논문에 적혀 있지 않은 것이 결론에 영향을 주는 대목은?