Lesson 4 of 20
여섯 균주 중 441 을 고른 까닭 — 91.2~99.2% 와 '대표'
방법 1 · 방법 3
BtHKU5-CoV-2 는 한 덩어리가 아닙니다. 보고된 균주(strain) 가 여섯 개입니다. 441 · 153 · 155 · 023 · 028 · 381.
여섯의 스파이크는 서로 91.2~99.2% 같습니다. 거꾸로 말하면 최대 8.8% 까지 다릅니다.
1,200잔기가 넘는 단백질에서 8.8% 면 백 자리 넘게 다르다는 뜻입니다. 에피토프 하나가 9잔기니까, 한 에피토프가 통째로 사라질 수 있는 크기입니다.
'가운데' 를 고른다는 생각
반에서 한 명을 뽑아 교복 치수를 정한다고 해 봅시다. 가장 큰 아이나 가장 작은 아이를 뽑으면 나머지 대부분이 안 맞습니다. 가운데 아이를 뽑으면 평균적으로 덜 틀립니다.
다만 비유가 깨지는 자리가 있습니다 — 교복은 안 맞으면 바로 보입니다. 에피토프는 안 맞아도 예측 도구가 아무 말도 하지 않습니다. 그래서 논문은 따로 보존성 검사를 붙입니다 (14강).
길이 1204 는 우리가 Table 2 에서 역산한 값입니다 — 논문에 스파이크 길이가 없습니다. 인용하지 마십시오.
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대표를 세우는 세 가지 길
| 방법 | 어떻게 | 이 논문 |
|---|---|---|
| 가장 닮은 하나를 고른다 | 나머지와의 평균 거리가 가장 짧은 것 | 이 방법 |
| 합의 서열을 만든다 | 자리마다 가장 흔한 아미노산을 골라 없던 서열을 짓는다 | 안 씀 |
| 전부 다 쓴다 | 여섯 개에서 각각 뽑고 합친다 | 안 씀 |
두 번째 방법은 실제로 존재하지 않는 바이러스의 서열을 만듭니다. 그래서 안전해 보이지만, 실험으로 확인할 대상이 없어집니다.
세 번째는 가장 넓게 덮지만 구조물이 커집니다. 논문은 첫 번째를 골랐고, 그 대신 보존성 검사로 뒤를 받칩니다 (14강).
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합의 서열을 대표로 쓸 때의 위험은?
Answer 자리마다 따로 고르면 자리끼리의 관계가 깨집니다. 어느 균주에도 없는 조합이 나올 수 있습니다.
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논문이 BtHKU5-CoV-2-441 을 대표 균주로 고른 근거는?
Answer '가장 높은 동일성' 이 논문이 댄 유일한 근거입니다. 감염력이나 보고 순서는 근거로 쓰이지 않았습니다.
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여섯 균주의 스파이크가 91.2~99.2% 같다는 사실이 뜻하는 것은?
Answer 8.8% 차이는 백 자리가 넘습니다. 그래서 논문은 고른 뒤에 여섯 균주 전부에 있는지를 따로 확인합니다 (14강).