13. B세포 에피토프 — 16잔기와 RBD 라는 두 번째 조건 · Prof. Jeong's mRNA Vaccine Design, First Steps I

B세포는 다릅니다. T세포는 잘린 조각을 MHC 위에서 보지만, B세포의 항체는 온전한 단백질의 표면을 그대로 붙잡습니다.

그래서 프로테아좀도 TAP 도 MHC 도 계산에 들어가지 않습니다. 대신 표면에 드러나 있는가가 중요해집니다.

T세포는 잘린 것을, B세포는 생긴 것을 본다

선형이냐 입체냐

선형 B세포 에피토프

서열에서 이어진 한 토막. 이 강의 주제. 도구 ABCpred

입체 B세포 에피토프

서열에서는 떨어져 있는데 접히면 모이는 자리. II 권에서 ElliPro 로 다룬다

실제 항체가 붙잡는 자리는 대부분 입체입니다. 선형만 보는 것은 쉬워서이지 옳아서가 아닙니다.

논문이 더한 두 번째 조건

여기서 논문이 다른 단계와 다른 일을 합니다. 항원성이 높은 것 가운데 수용체 결합 도메인(RBD) 안에 있는 것만 골랐습니다.

RBD 는 스파이크가 ACE2 를 실제로 붙잡는 자리입니다. 여기에 항체가 붙으면 붙잡는 일 자체를 막습니다. 이런 항체를 중화항체라고 부릅니다.

에피토프	시작	항원성	보존성
`FPLSMASYLRPGSTGP`	441	1.1750	6/6
`SMTERVQMTFVISVTF`	542	1.1665	6/6
`DVESGVYSVSSFEAKS`	348	1.0387	6/6
`PGSTGPTAEFNYRQDF`	451	1.0319	6/6
`SDGQSASMTERVQMTF`	536	0.8603	6/6

다섯 개를 시작 위치 순으로 늘어놓아 보세요. 겹치는 쌍이 눈에 들어옵니다.

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다섯 개 가운데 두 쌍이 겹칩니다. 남는 자리는 셋입니다.

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# 다섯 개를 시작 위치로 정렬하고 겹침을 본다.
lbl = [
    ("FPLSMASYLRPGSTGP", 441),
    ("SMTERVQMTFVISVTF", 542),
    ("DVESGVYSVSSFEAKS", 348),
    ("PGSTGPTAEFNYRQDF", 451),
    ("SDGQSASMTERVQMTF", 536),
]
lbl.sort(key=lambda r: r[1])
print("%-18s %10s %10s" % ("에피토프", "시작", "끝"))
for pep, s in lbl:
    print("%-18s %10d %10d" % (pep, s, s + 15))
print()
print("겹치는 쌍을 찾는다")
for i in range(len(lbl) - 1):
    p1, s1 = lbl[i]
    p2, s2 = lbl[i + 1]
    if s2 <= s1 + 15:
        shared = s1 + 15 - s2 + 1
        print("  %s 와 %s 가 %d 잔기 겹친다" % (p1, p2, shared))
print()
print("다섯 개가 스파이크에서 차지하는 자리는 세 곳뿐이다.")
print("(우리가 표에서 센 것 — 논문에 없다. 인용하지 말 것)")

겹침이 뜻하는 것

FPLSMASYLRPGSTGP(441)와 PGSTGPTAEFNYRQDF(451)는 PGSTGP 여섯 글자를 함께 씁니다.

SDGQSASMTERVQMTF(536)와 SMTERVQMTFVISVTF(542)는 열 글자를 함께 씁니다.

둘 다 백신 구조물에 따로따로 들어갑니다. 그러니까 같은 스파이크 조각이 구조물 안에 두 번 실립니다. 18강에서 이 낭비를 세어 봅니다.

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