9. 독성과 알레르기를 거른다 — AllerTOP 과 ToxinPred · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 I

항원성을 지난 조각은 두 체를 더 지납니다.

도구	묻는 것	버리는 것
AllerTOP 2.0	알레르기를 일으킬 만한가	일으킬 것으로 예측된 것
ToxinPred 2.0	독성이 있을 만한가	있을 것으로 예측된 것

Table 2 를 보면 HTL 에피토프 일곱 개의 독성·알레르기 칸이 전부 _ 입니다. 아무것도 걸리지 않았다는 뜻입니다.

아무도 안 걸리면 체를 의심해야 하나

스무 개가 전부 통과했습니다. 이것을 어떻게 읽어야 할까요.

좋게 읽으면

앞 단계에서 이미 많이 걸러져 남은 것들이 깨끗하다

의심하며 읽으면

체의 구멍이 너무 커서 거의 다 통과시키는 것일 수도 있다

확인하려면

걸러진 것이 몇 개였는지를 봐야 한다 — 논문에 그 수가 없다

논문은 각 단계에서 몇 개가 떨어졌는지 적지 않았습니다. 최종 스무 개만 있습니다. 그래서 체의 성능을 판단할 방법이 없습니다.

체의 구멍 크기를 바꿔 보세요. 통과율이 100%면 체가 일을 하고 있는지 알 수 없습니다.

불러오는 중…

같은 결과, 전혀 다른 과정. 중간 수가 없으면 구별할 수 없습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 깔때기에서 '떨어진 수' 를 안 적으면 무엇을 못 하는지 본다.
# 아래 두 시나리오는 최종 결과가 같지만 체의 성능은 정반대다.
scenarios = [
    ("체가 잘 걸렀다", 500, 120, 20),
    ("체가 거의 안 걸렀다", 24, 22, 20),
]
print("%-22s %7s %7s %7s %9s" % ("시나리오", "시작", "중간", "최종", "최종통과율"))
for name, a, b, c in scenarios:
    print("%-22s %7d %7d %7d %8.1f%%" % (name, a, b, c, c / b * 100))
print()
print("최종 20 개는 같다. 그런데 체가 한 일은 전혀 다르다.")
print("논문에 중간 수가 없으므로 어느 쪽인지 알 수 없다.")
print("(두 시나리오의 숫자는 교육용 가정이다 — 인용하지 말 것)")

알레르기 예측이 어려운 까닭

알레르기는 서열만으로 정해지지 않습니다. 같은 단백질이 어떤 사람에게는 알레르기를 일으키고 어떤 사람에게는 아무렇지 않습니다.

실제로 영향을 주는 것	예측 도구가 보는가
알려진 알레르겐과 서열이 닮았는가	본다
소화에 견디는가	일부만
그 사람이 전에 노출된 적 있는가	못 본다
전달체가 함께 일으키는 반응	못 본다

마지막 줄이 중요합니다. 코로나 mRNA 백신에서 보고된 알레르기 반응은 mRNA 가 아니라 지질나노입자의 PEG 쪽이 지목되었습니다. 그것은 이 단계에서 아예 보이지 않습니다.

🤔 확인 문제

이 단계의 안전성 예측이 놓치는 것 가운데 가장 큰 것은?

🤔 확인 문제

Table 2 에서 독성·알레르기 칸이 전부 _ 인 것이 뜻하는 바는?

🤔 확인 문제

이 단계의 성능을 판단할 수 없는 까닭은?