10. 면역원성과 결합력 — 깔때기를 세어 본다 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 I

CTL 에피토프가 지나는 체를 순서대로 적으면 다섯입니다.

NetCTL 0.75  →  VaxiJen 0.4  →  AllerTOP  →  ToxinPred  →  IEDB 면역원성 > 0  →  TepiTool IC50 < 500 nM

마지막 둘을 이 강에서 봅니다.

면역원성 점수가 양수여야 한다

IEDB Class I Immunogenicity 는 '이 조각이 T세포를 실제로 깨울 만한가' 를 점수로 냅니다. 논문은 0 보다 큰 것만 남깁니다.

앞의 NetCTL 과 무엇이 다를까요. NetCTL 은 홈에 맞는가를 봅니다. 이 도구는 맞은 다음에 T세포가 알아보는가를 봅니다. 두 걸음이 다릅니다.

홈에 맞는 것과 T세포가 알아보는 것은 다른 일이다

IC50 500 nM 이라는 선

TepiTool 이 내는 IC50 은 '이만큼 농도가 있어야 절반이 붙는다' 는 값입니다. 그러니까 작을수록 세게 붙습니다.

500 nM 은 이 분야에서 오래 쓰인 관행선입니다. 500 보다 작으면 '결합한다' 고 봅니다.

IC50	흔히 부르는 이름	Table 1 에 몇 개
< 50 nM	강한 결합	여섯 (가장 센 값 기준)
50 ~ 500 nM	중간 결합	둘
> 500 nM	약한 결합 — 버린다	없음

체의 순서를 바꿔 보세요. 같은 체라도 순서가 다르면 남는 것이 달라집니다.

불러오는 중…

문턱 하나를 조이면 여덟이 여섯이 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

# Table 1 의 여덟 개를 IC50 기준으로 갈라 본다.
# 에피토프마다 HLA 가 여럿이면 '가장 센 값' 을 쓴다.
best = [
    ("KTYSNITIA", 20.42),
    ("TYSNITIAM", 411.35),
    ("LPYFHNINY", 5.30),
    ("VQMTFVISV", 2.59),
    ("VSIPTNFSF", 5.93),
    ("IPTNFSFGL", 112.83),
    ("MEAAYTASL", 5.69),
    ("LASFAAIPF", 8.76),
]
strong = [p for p, v in best if v < 50]
mid = [p for p, v in best if 50 <= v < 500]
print("강한 결합 (< 50 nM) :", len(strong), "개")
for p in strong:
    print("   ", p)
print("중간 결합 (50~500 nM):", len(mid), "개")
for p in mid:
    print("   ", p)
print()
print("문턱을 500 에서 50 으로 조이면", len(mid), "개가 빠진다.")
print("여덟 개가", len(strong), "개가 된다 — 백신의 4분의 1 이 사라진다.")

체를 여럿 두어도 같은 성질을 본다면 다양성은 늘지 않습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 순서가 결과를 바꾸는가 — 아주 단순한 모형으로 확인한다.
# 체가 '독립' 이면 순서는 상관없다. 상관이 있으면 순서가 중요해진다.
# 아래 값은 교육용 가정이다 (논문에 없음). 인용하지 말 것.
import numpy as np
rng = np.random.default_rng(0)
n = 1000
a = rng.normal(0, 1, n)          # 항원성 축
b = a * 0.7 + rng.normal(0, 0.7, n)   # 결합력 축 — 항원성과 상관 있음
keep_a = a > 0.4
keep_b = b > 0.4
print("체 A 만 통과 ", int(keep_a.sum()))
print("체 B 만 통과 ", int(keep_b.sum()))
print("둘 다 통과   ", int((keep_a & keep_b).sum()))
print()
print("두 축의 상관계수", round(float(np.corrcoef(a, b)[0, 1]), 3))
print("상관이 높으면 두 체가 '같은 것' 을 두 번 거르는 셈이다.")
print("체를 늘려도 후보가 다양해지지 않는다 — 17강의 열한 자리 문제와 이어진다.")

🤔 확인 문제

IEDB 면역원성 도구가 NetCTL 과 다르게 보는 것은?

🤔 확인 문제

IC50 이 작다는 것은?

🤔 확인 문제

체를 여러 개 두었는데도 후보가 다양해지지 않는 까닭이 될 수 있는 것은?