7. CTL 에피토프 — NetCTL 1.2 와 문턱 0.75 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 I

첫 도구는 NetCTL 1.2 입니다. 스파이크 서열을 넣으면 9잔기 조각마다 점수를 매깁니다. 논문은 기본값인 0.75 를 문턱으로 씁니다.

이 점수가 특이한 것은 세 가지를 합친 값이라는 점입니다.

무엇을 보나	몸 안의 어느 걸음인가
C 말단 절단	프로테아좀이 여기서 자르는가
TAP 수송	잘린 조각이 소포체로 실려 가는가
MHC I 결합	실려 간 조각이 홈에 맞는가

세 걸음을 다 통과해야 조각이 세포 표면에 나옵니다. NetCTL 은 그 사슬을 한 점수로 압축합니다.

12개 수퍼타입

HLA 는 수천 가지입니다. 하나씩 다 계산할 수는 없으니 비슷한 것끼리 묶어 수퍼타입이라고 부릅니다. 논문이 쓴 것은 열두 개입니다.

A1 · A2 · A3 · A24 · A26 · B7 · B8 · B27 · B39 · B44 · B58 · B62

묶음을 쓰면 계산이 빨라집니다. 대신 묶음 안에서 튀는 대립유전자는 놓칩니다. 이 손실은 뒤의 적용범위 계산에 그대로 남습니다.

문턱을 움직여 보세요. 0.75 를 조금만 내려도 후보가 확 늘어납니다.

불러오는 중…

논문이 최종으로 남긴 여덟 개

에피토프	시작 위치	가장 센 HLA	IC50 (nM)	항원성
`KTYSNITIA`	62	A*30:01	20.42	1.0509
`TYSNITIAM`	63	A*24:02	411.35	1.2420
`LPYFHNINY`	279	B*35:01	5.30	1.0163
`VQMTFVISV`	547	A*02:06	2.59	1.1614
`VSIPTNFSF`	757	B*58:01	5.93	1.1587
`IPTNFSFGL`	759	B*53:01	112.83	1.8318
`MEAAYTASL`	925	B*40:01	5.69	0.6652
`LASFAAIPF`	946	B*35:01	8.76	0.8943

두 쌍이 눈에 띕니다. 62와 63, 그리고 757과 759. 시작 위치가 한두 칸밖에 차이나지 않습니다. 17강에서 이 문제를 따로 다룹니다.

겹침을 직접 확인합니다. 여덟 개가 여섯 자리에 모여 있습니다.

Python 브라우저에서 실행

# Table 1 의 여덟 개를 그대로 적고, 시작 위치로 정렬해 본다.
ctl = [
    ("KTYSNITIA", 62, 20.42, 1.0509),
    ("TYSNITIAM", 63, 411.35, 1.2420),
    ("LPYFHNINY", 279, 5.30, 1.0163),
    ("VQMTFVISV", 547, 2.59, 1.1614),
    ("VSIPTNFSF", 757, 5.93, 1.1587),
    ("IPTNFSFGL", 759, 112.83, 1.8318),
    ("MEAAYTASL", 925, 5.69, 0.6652),
    ("LASFAAIPF", 946, 8.76, 0.8943),
]
ctl.sort(key=lambda r: r[1])
prev_end = None
for pep, start, ic50, ag in ctl:
    end = start + 8
    gap = "" if prev_end is None else ("겹침" if start <= prev_end else "")
    print("%-10s %4d-%4d  IC50 %7.2f  항원성 %.4f  %s" % (pep, start, end, ic50, ag, gap))
    prev_end = end
print()
print("겹치는 쌍이 둘 있다 — 62/63 과 757/759.")
print("여덟 개를 골랐지만 스파이크에서 차지하는 자리는 여섯 곳뿐이다.")
print("(우리가 표에서 센 것 — 논문에 없는 값이므로 인용하지 말 것)")

왜 세 걸음을 다 봐야 하나

홈에 잘 맞는 조각이라도 프로테아좀이 그 자리를 안 자르면 아예 만들어지지 않습니다. 잘려도 TAP 이 안 실어 나르면 소포체에 못 갑니다.

사슬에서 한 고리만 끊겨도 결과는 0 이다

MHC 결합만 보는 도구를 쓰면 '아주 잘 붙는데 절대 만들어지지 않는' 조각을 고르게 됩니다. NetCTL 이 셋을 함께 보는 까닭입니다.

🤔 확인 문제

MHC 결합만 예측하는 도구를 쓰면 생길 수 있는 문제는?

🤔 확인 문제

NetCTL 의 점수가 합친 값이라서 생기는 불편은?

🤔 확인 문제

수퍼타입 열두 개로 묶어서 계산하면 생기는 손실은?