Lesson 5 of 20
차등발현 ① — miRNA 층에서 무엇이 변했나
log2 배수변화 · t검정 · 화산도 · 그리고 miR-34b-5p 가 튀어나온다
차등발현 분석은 결국 두 숫자를 만드는 일입니다.
log2 배수변화 — 얼마나 변했나
p값 — 그 변화가 표본 간 흔들림으로 설명되지 않을 만큼 큰가
p값 — 그 변화가 표본 간 흔들림으로 설명되지 않을 만큼 큰가
왜 배수를 log2 로 놓을까요? 두 배 늘어난 것과 두 배 줄어든 것을 대칭으로 만들기 위해서입니다. 그냥 배수로 쓰면 증가는 1~∞, 감소는 0~1 로 눈금이 찌그러집니다. log2 를 씌우면 +1 과 −1 이 되어 딱 맞습니다.
log2 CPM 을 만들고, 두 무리의 평균 차이와 t검정 p값을 구합니다. 이것이 차등발현의 전부입니다.
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왼쪽 아래가 아니라 오른쪽 위가 흥미로운 자리입니다 — 크게 변했고 믿을 만하다는 뜻.
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튀어나온 점 하나
화산도의 오른쪽 끝, 위쪽에 mmu-miR-34b-5p 가 있습니다.
| miRNA | log2FC | 배수 | p | WT 평균 CPM |
|---|---|---|---|---|
| mmu-miR-34b-5p | +2.60 | 6.1 배 | 1.5 × 10⁻⁴ | 312 |
| mmu-miR-34c-5p | +1.15 | 2.2 배 | 2.6 × 10⁻³ | 4,345 |
논문 Fig 3B 가 주장한 것이 정확히 이것입니다 — Ddx54 를 끄면 miR-34b/c 가 올라간다. 우리는 원자료로 그 주장을 확인했습니다.
주목할 점이 하나 더 있습니다. miR-34c-5p 는 배수변화가 더 작은데도 WT 발현량이 14배 높습니다(4,345 대 312). 세포 안에 실제로 늘어난 분자 수로 따지면 34c 쪽이 훨씬 많습니다. 이 구별이 14~17강에서 중요해집니다.
논문이 든 것은 셋이었습니다
여기까지 우리는 miR-34b/c 만 봤습니다. 그런데 논문 Fig 3B 를 다시 읽으면 빨간 점이 세 개입니다 —
Ddx54 KD resulted in a significant increase in the expression levels of
nmu-miR-34b-5p, nmu-miR-6240, and nmu-miR-3544-5p.
(논문의 nmu- 는 mmu-(생쥐)의 오타입니다.)
나머지 둘은 이름이 낯설죠. 번호만 붙은 miRNA 는 나중에 발견되어 아직 잘 연구되지 않은 것들입니다. 그래도 자료에는 분명히 들어 있어요.
논문이 든 셋이 모두 우리 자료에서도 유의하게 증가합니다.
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'상위 3개' 라는 말에는 어떤 문턱에서 라는 조건이 숨어 있습니다.
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🎮 화산도 실험실
문턱 두 개(배수변화 · p값)를 옮기면 "유의한 miRNA" 목록이 어떻게 바뀌는지 보세요.
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배수변화에 log2 를 씌우는 가장 큰 이유는?
Answer 그냥 배수로 쓰면 2배 증가는 2, 2배 감소는 0.5 로 눈금이 찌그러집니다. log2 를 씌우면 +1 과 −1 이 되어 같은 크기의 변화가 같은 거리로 보입니다.
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log2(CPM + 1) 에서 +1 이 하는 일은?Answer pseudocount 입니다. 값이 큰 쪽에는 영향이 거의 없고 0 근처에서만 작동하는데, 대신 저발현 구간의 배수변화를 작게 눌러 주는 부작용이 있어 발현량 문턱과 함께 씁니다.
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miR-34b-5p 는 +2.60, miR-34c-5p 는 +1.15 인데, 세포 안에서 늘어난 분자 수는 34c 쪽이 더 많습니다. 왜?
Answer 배수변화는 비율이고, 실제 억제력을 결정하는 것은 절대 분자 수입니다. 312 × 6.1 ≈ 1,900 늘어난 것과 4,345 × 2.2 ≈ 9,600 늘어난 것 — 후자가 훨씬 큽니다. 배수변화만 보고 순위를 매기면 이 사실을 놓칩니다.