KIT — 끌 수 없는 스위치

키나아제는 스위치입니다. 하는 일은 하나뿐입니다 — 다른 단백질에 인산기를 하나 붙입니다. 인산기가 붙으면 모양이 바뀌고, 모양이 바뀌면 다음 단백질이 달라붙습니다.

KIT 은 세포막에 박혀 있습니다. 바깥쪽 끝이 밖으로 나와 있고 안쪽 끝이 세포질에 잠겨 있습니다. 바깥쪽에 줄기세포인자(SCF)가 와서 붙으면 안쪽이 켜지고, 켜진 KIT 이 인산기를 붙이기 시작합니다.

그 신호가 뜻하는 바는 자라라, 나뉘어라, 죽지 마라입니다.

고장 난 스위치는 켜져 있는 스위치가 아니라 끌 수 없는 스위치입니다.

KIT 단백질의 네 토막

연막 도메인은 브레이크입니다. 그 브레이크가 늘어나거나 끊어지면 키나아제가 저절로 켜집니다. 개의 비만세포종에서 가장 흔한 고장이 바로 여기입니다.

ITD 가 무엇인가 — 점돌연변이와 다른 것

이것이 왜 중요하냐면, ITD 는 이 강의가 배우는 파이프라인이 가장 못 찾는 것이기 때문입니다. 150 글자짜리 리드로 30 글자짜리 삽입을 찾으려면 리드 하나에 삽입 전체가 들어가야 합니다. 그래서 실무에서는 KIT ITD 를 PCR 단편길이 검사로 따로 봅니다 — 시퀀싱이 아니라요.

약 두 가지 — 하나는 개를 위해 만들어졌다

두 약이 노리는 것은 같은 단백질입니다. 그런데 이마티닙에는 조건이 하나 붙습니다 — 꺼져 있는 모양(DFG-out)의 단백질에만 달라붙습니다.

그러니까 물음은 이렇게 됩니다. 이 변이 단백질은 아직 꺼진 모양이 될 수 있는가. 소설 7장이 그 물음에 답하는 장입니다 — AlphaFold 로 사진을 찍고, OpenMM 으로 영상을 만들어 94.3%의 시간을 켜진 자세로 보낸다는 것을 확인합니다. 그 대목은 /mrna 7~11강에서 자세히 다룹니다.