19강 / 20강
【실습】 Xenium 슬라이드의 화학
SI 「Xenium Prime 5K Mouse Pan Tissue and Pathways Assay」
논문에서 화학이 가장 촘촘하게 쌓인 곳이 Xenium 문단입니다. 전사체 198,792 · 342,508 · 397,786 · 217,301 개가 나온 그 실험이에요.
순서를 따라가며, 각 단계가 어느 강에서 배운 화학인지 짚어 봅니다.
① 절편 — 5 µm, 42°C 물 위
FFPE blocks … processed using a microtome to obtain 5 µm sections.
Sections were floated on a 42°C Milli-Q water bath to remove wrinkles
15강의 포르말린 고정이 조직을 굳혀 놨기에 이렇게 얇게 썰립니다. 따뜻한 물 위에 띄우면 파라핀이 살짝 펴집니다 — 주름이 사라져요.
② 탈파라핀 — 자일렌
16강의 극성 사다리 그대로입니다. 파라핀을 녹여 내야 시약이 조직에 닿습니다.
③ 품질 확인 — DAPI 와 DV200
18강의 DAPI 로 핵이 제자리에 있는지 보고,
/chem 8강의 DV200 > 30% 로 RNA 가 성한지 봅니다.
FFPE 는 RNA 가 잘 부서지니 이 문턱을 못 넘으면 여기서 멈춥니다.
④ 프로브 혼성화 → 연결 → 증폭
Probes targeting mouse mRNA were hybridized to the tissue sections,
followed by ligation and amplification steps to generate fluorescently labeled probes.
Enzymatic reactions were carried out under controlled thermal cycling conditions.
⑤ 자가형광 소광 — 소듐하이드로설파이트
To minimize background noise, autofluorescence quenching was achieved
using a sodium hydrosulfite-based solution.
조직 자체가 빛납니다 — 리포퓨신·엘라스틴·콜라겐이 공액 π 계를 갖고 있어서요(17강). 소듐하이드로설파이트는 강한 환원제입니다. 그 공액계를 깨뜨려 빛나지 않게 만듭니다.
표적 신호는 프로브에 새로 단 형광체라 그대로 남고, 배경만 꺼집니다.
값은 <b>모의</b>입니다 — 논문에는 소광 효율이 적혀 있지 않아요.
Python
브라우저에서 실행
⑥ 영상, 그리고 다시 H&E
Post-imaging, H&E staining was performed on the same slides
to integrate morphological context with the spatial transcriptomic data.
같은 슬라이드에 16강의 H&E 를 다시 합니다. 전사체 지도와 조직 사진을 겹쳐 볼 수 있게 하려는 것이에요.
형광 영상을 먼저 찍고 H&E 를 나중에 하는 이유 — H&E 의 색소가 형광을 가려 버리기 때문입니다. 순서를 바꾸면 못 씁니다.
🤔 확인 문제
Xenium 에서 자가형광 소광에 환원제를 쓰는 이유는?
해설 리포퓨신·콜라겐 같은 조직 성분이 스스로 빛납니다. 강한 환원제가 그 공액계를 깨면 배경이 꺼지고, 새로 단 형광체 신호만 남아요.
🤔 확인 문제
형광 영상을 찍은 뒤에 H&E 를 하는 이유는?
해설 헤마톡실린·에오신이 흡수·산란으로 형광 신호를 덮습니다. 형광을 먼저 찍고 H&E 를 해야 둘 다 얻을 수 있어요.