18강 / 20강

DAPI — DNA 의 홈에 끼어 앉는다

SI 「Quality assessment involved DAPI staining」

논문은 Xenium 을 돌리기 전에 DAPI 염색으로 조직을 확인했습니다. DAPI 는 왜 핵만 파랗게 만들까요.

SYBR Green (14강)

끼어들기 — 염기판 사이에 끼어듭니다.

DAPI

홈 결합 — 이중나선의 작은 홈에 들어앉습니다. 그리고 AT 가 많은 자리를 좋아해요.

고등학생왜 그것이 편리한가

성질	이점
결합해야 밝아짐	안 씻어 내도 배경이 낮음
DNA에 특이적	핵만 선명하게
파란색 (405 nm 여기)	다른 형광체와 안 겹침
싸고 안정	널리 쓰임

세 번째 줄 덕분에 DAPI는 거의 모든 형광 실험의 기본 채널이 됩니다.

왜 AT 를 좋아하나

작은 홈은 GC 가 많은 곳에서 더 좁고, 구아닌의 아미노기가 홈 안으로 튀어나와 있습니다. DAPI 가 들어갈 자리가 없어요.

AT 가 많은 곳은 홈이 넓고 걸리는 것이 없습니다. DAPI 가 쏙 들어가 고정되고, 고정되면 14강처럼 밝아집니다(약 20배).

고등학생DAPI로 무엇을 보나

관찰	알 수 있는 것
핵의 위치	세포가 어디 있나 — 세포 수 세기
핵의 모양	정상인가 · 세포 사멸(응축·조각남)
핵의 크기	배수성·세포주기
조직 구조	세포 배열

19강의 Xenium에서 DAPI로 핵이 제자리에 있는지 봅니다. 조직 절편의 품질을 확인하는 첫 단계예요.

경향을 보는 <b>모의</b>입니다 — 실제 결합 상수는 서열 문맥에 따라 더 복잡해요.

Python 브라우저에서 실행

# AT 비율과 DAPI 신호 (경향 모의)
서열들 = {
    "AT 가 많은 자리": "AATTTAAATTTAAATTTAA",
    "고른 서열":       "ATGCATGCATGCATGCATG",
    "GC 가 많은 자리": "GCGGCCGCGGCCGCGGCCG",
}
print(f"{'서열 종류':18}{'AT%':>7}{'상대 신호':>10}")
for 이름, s in 서열들.items():
    at = (s.count("A") + s.count("T")) / len(s)
    신호 = 100 * at ** 2          # AT 연속 구간을 좋아한다 — 대략적인 경향
    print(f"{이름:18}{at*100:>6.0f}%{신호:>9.0f}")
print()
print("DAPI 는 AT 가 서너 개 이어진 자리에 특히 잘 앉는다.")
print("그래서 같은 양의 DNA 라도 서열에 따라 밝기가 조금 다르다.")

고등학생주의할 점

주의	내용
살아 있는 세포에 잘 안 들어감	막을 통과하기 어려움 — 고정이 필요
사멸 세포에는 잘 들어감	그래서 생사 판별에도 쓰임
DNA 결합 물질	변이원성 가능 — 장갑 필수
A-T 편향	이형염색질이 더 밝게 보임

두 번째 줄이 유용합니다 — 살아 있는 세포에 DAPI를 뿌리면 죽은 세포만 파래집니다.

🤔 확인 문제

DAPI 가 핵만 파랗게 만드는 이유는?