Lesson 20 of 20
적출과 정리 — 이 종양이 다음 강의로 간다
SI 「After euthanizing the LLC1 syngeneic mouse model...」 · 말할 수 있는 것과 없는 것
실험이 끝나면 마우스를 안락사하고 종양을 꺼냅니다. 그런데 꺼낸 종양은 한 덩어리로 쓰이지 않습니다. 갈라집니다.
| 어디로 | 어떻게 처리하나 | 무엇을 보나 | 다음 강의 |
|---|---|---|---|
| 저울 | 바로 잰다 | 종말점 종양중량 | 이 강의 13강 |
| 유세포분석 | 갈아서 단일세포로 | CD8 T 세포 비율 | /cytohist |
| 조직 | 포르말린 고정 → FFPE | H&E · TIL 지도 | /cytohist |
| 분주 → 10x | CD45+ 만 골라낸다 | 단일세포 전사체 | /immune |
| 공간전사체 | FFPE 박절 → Xenium | 위치별 발현 | /spatial |
이 나누기를 미리 정해 둬야 합니다. 포르말린에 담근 조직은 유세포분석에 쓸 수 없고, 갈아 버린 조직은 다시 슬라이드로 만들 수 없으니까요.
이 20강에서 말할 수 있게 된 것
| 말할 수 있다 | 근거 |
|---|---|
| 이 종양은 원래 항-PD1 에 듣지 않는다 | WT+항-PD1 곡선이 기준과 겹친다 (9·12강) |
| Ddx54 를 끄고 항-PD1 을 함께 주면 종양이 억제된다 | 네 군 설계에서 넷째 군만 크게 다르다 (9강) |
| 그 효과는 두 처리를 더한 것보다 크다 | 2×2 상호작용 (9강) |
| 넷째 군은 관찰 기간 안에 전원 생존했다 | KM 곡선이 1.0 에서 내려오지 않는다 (15강) |
| 이 결과는 세포주 두 개, 조작 방법 두 가지에서 재현된다 | LLC1·KLN205 / shRNA·CRISPR (2·18강) |
| 말할 수 없다 | 이유 |
|---|---|
| "환자에게도 이렇게 될 것이다" | 동계이식 마우스는 사람 종양의 다양성을 담지 못한다 (3강) |
| "완치되었다" | 관찰 기간 안에 사건이 없었다는 것뿐이다 (15강) |
| "종양 부피가 정확히 몇 mm³ 였다" | 럭비공 가정 위의 추정값이다 (11강) |
| "DDX54 를 낮추면 환자가 오래 산다" | 환자 쪽은 관찰 자료다 — 연관까지다 (19강) |
| "면역세포가 종양 안으로 들어왔다" | 이 강의는 크기와 생존만 쟀다 — 세는 것은 다음 강의다 |
논문 저자들이 스스로 적어 둔 한계 넷
위 표는 우리가 이 20강에서 말할 수 있는 것을 적은 것입니다. 논문의 저자들도 같은 일을 했어요 — Discussion 마지막 문단에 "이 연구를 사람에게 옮기려면 아직 남은 것" 을 넷으로 적었습니다.
좋은 논문은 이 문단을 반드시 씁니다. 그리고 이 문단이야말로 다음 연구의 목록입니다.
| 남은 것 | 왜 문제인가 | 어떻게 해야 하나 |
|---|---|---|
| ① 생쥐 면역계 ≠ 사람 면역계 | 동계이식 생쥐로 본 것을 사람에게 그대로 옮길 수 없다 | 사람 면역세포를 심은 인간화 마우스, 또는 사람 면역세포가 살아 있는 폐암 오가노이드 |
| ② 등에 심은 종양이다 | 폐가 아니라 피하에 심었다. 혈관 분포와 면역세포가 들어오는 길이 원래 폐암과 다르다 | 폐에 직접 심는 정위(orthotopic) 모델 |
| ③ 약이 없다 | 세포주에서 유전자를 끈 것이지 환자에게 줄 약이 아니다 | 폐암 세포만 골라 DDX54 를 끄는 전달 기술 — rAAV 벡터나 지질나노입자(LNP) |
| ④ 몇 %를 꺼야 하는지 모른다 | 우리 실험은 모든 세포가 KD 인 세포주를 심었다. 환자 종양에서 약이 닿는 것은 일부뿐이다 | KD 세포와 WT 세포를 비율을 바꿔 섞어 심어 보는 실험 |
②를 눈여겨보세요. 우리는 7강에서 등에 주사한다는 것을 "그렇게 하는 것" 으로 배웠습니다. 그게 표준이니까요. 그런데 논문 저자들은 그 표준 자체를 한계로 적었습니다 — 편해서 택한 방법이 결론의 범위를 정한다는 것을 알고 있었던 거예요.
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논문이 피하(등) 가 아니라 정위(폐) 모델을 한계로 든 이유는?
Answer 이 논문의 결론은 면역세포가 종양 안으로 들어오느냐 입니다. 들어오는 길이 장기마다 다르다면, 등에서 본 결과가 폐에서 그대로일 보장이 없어요. 편해서 택한 방법이 결론의 범위를 정합니다.
벤치에서 실제로 종이에 적어 두는 종류의 계획입니다.
Python
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적출한 종양을 포르말린에 통째로 담갔습니다. 이제 할 수 없게 된 것은?
Answer 유세포분석은 살아 있는 단일세포가 필요합니다. 고정하면 세포막의 항원 구조가 바뀌고 세포가 죽어요. 나머지 셋은 모두 고정한 조직으로 하는 일입니다.