20강 / 20강

정리 — 인실리코 결과를 실험으로 넘기는 문턱

무엇이 있으면 이 논문이 강해졌을까

스무 강을 지나 왔습니다. 이 논문에 대해 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것을 갈라 둡시다.

말할 수 있는 것

· 예측된 주머니에 기하학적으로 들어가는 분자들이 있다
· 그중 폴리페놀 계열이 도킹 점수가 높다
· 20 ns 안에서 복합체 자세가 유지된다
· 실험할 후보 목록을 만들었다

말할 수 없는 것

· PGG 가 Ror1 에 실제로 결합한다
· PGG 가 Ror1 의 기능을 억제한다
· 결합에너지가 200~484 kcal/mol 이다
· PGG 가 암 치료에 쓸 수 있다
· 이 순위가 다른 도킹 프로그램에서도 나온다

이 목록이 이 강의의 결론입니다. 재현할 수 없는 계산은 주장이지 증거가 아닙니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이 강의에서 나온 문제를 한자리에.
issues = [
    ("깔때기가 한 번 넓어짐",   "1강",  "MM-PBSA 는 XP 10개가 아니라 300개에"),
    ("라이브러리 부분집합 불명", "2강",  "어느 45,000개인지 알 수 없다"),
    ("리간드 준비 설정 불명",   "3강",  "pH·이온화 — 재현 불가"),
    ("점수를 자유에너지로 읽음", "5강",  "-20.66 은 Kd 1e-15 M"),
    ("양성 대조군 없음",       "7강",  "컷오프·성능을 검증할 수 없다"),
    ("부호 표기 오류",         "8강",  "'affinity 10.9 이상'"),
    ("리핀스키 3개 위반",      "10강", "MW 940 · HBD 15 · HBA 26"),
    ("확률이 음수",           "10강", "HIA = -0.8347"),
    ("탄닌 = 전형적 위양성",    "12강", "리간드 효율로는 꼴찌"),
    ("복합체 MD 가 10분의 1",  "13강", "20 ns · 반복 없음"),
    ("리간드 힘장 불명",       "14강", "MM-PBSA 의 핵심 입력"),
    ("평형화 단계 없음",       "15강", "NVT·NPT 가 안 적혀 있다"),
    ("RMSD 가 평평해지지 않음", "16강", "'안정' 과 모순"),
    ("MM-PBSA 값이 범위 밖",   "19강", "200~484 kcal/mol"),
    ("실험 검증 전혀 없음",     "20강", "IC50·결합실험·세포실험 하나도 없다"),
]
print(f"{'문제':26s}{'강':6s}설명")
print("-" * 82)
for a, b, c in issues:
    print(f"{a:26s}{b:6s}{c}")
print()
print("모두", len(issues), "개.")
print("이 중 다수는 '틀렸다' 가 아니라 '적히지 않았다' 입니다.")
print("적히지 않으면 확인할 수 없고, 확인할 수 없으면 근거가 되지 않습니다.")

무엇이 있었으면 강한 논문이 되었을까

아주 많은 것이 필요하지 않습니다. 넷이면 충분했습니다.

1. 양성 대조군 — Ror1 저해제가 없다면, 다른 인산화효소의 알려진 저해제로 도킹 프로토콜을 검증할 수 있습니다. "이 설정으로 알려진 결합자를 상위 5% 안에 회수한다" 는 문장 하나면 됐어요.

2. 리간드 효율 — 표에 열 하나만 더하면(12강) PGG 의 우위가 크기 때문이라는 게 드러납니다. 정직해지는 열 하나입니다.

3. PAINS 필터 — FAF-Drugs 에 이미 들어 있습니다. 켜기만 하면 됐어요.

4. 결합 실험 하나 — SPR 이나 열이동분석(TSA)으로 PGG 가 재조합 Ror1 에 붙는지 한 번만 확인했다면, 이 논문은 완전히 다른 논문이 됐을 겁니다.

2026년의 눈으로 — Ror1 약은 실제로 어디까지 왔나

접근	노리는 곳	상태
zilovertamab (cirmtuzumab)	세포외 Frizzled 도메인	임상 시험 진행
zilovertamab vedotin	세포외 + 약물 결합체(ADC)	임상 시험 진행
Ror1 CAR-T	세포외 항원	초기 임상
이 논문	세포질 쪽 t-Ror1 조각	인실리코 단계

실제로 임상에 올라간 것은 전부 세포 바깥을 노립니다. 이유가 뚜렷해요 —

Ror1 은 가짜 인산화효소라 안쪽을 막아도 끌 기능이 없습니다 (/fold 17강)
세포외 도메인은 항체가 닿습니다 — 특이성이 훨씬 높아요
정상 조직에 Ror1 이 거의 없어서 항체 표적으로 이상적입니다

이 논문이 다룬 t-Ror1 은 세포외 도메인이 통째로 없는 조각입니다(1강). 곧 가장 접근하기 좋은 부분을 빼고 시작한 셈이에요.

이 표를 들고 다른 도킹 논문을 읽어 보세요. 어떤 논문에도 그대로 쓸 수 있습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이 강의가 준 도구를 한 표로 — 다른 도킹 논문에도 그대로 씁니다.
checks = [
    ("라이브러리",  "어느 DB·부분집합·몇 개",       "2강"),
    ("준비 설정",   "pH·이온화·이성질체",           "3강"),
    ("점수 해석",   "자유에너지로 읽지 않기",        "5강"),
    ("리간드 효율", "score / 무거운 원자 수",        "12강"),
    ("양성 대조군", "알려진 결합자 회수율",          "7강"),
    ("PAINS",     "위양성 부류 필터",              "12강"),
    ("MD 길이",    "평형 도달 · 반복 횟수",         "13·16강"),
    ("점유율",     "수소결합이 유지된 시간 비율",     "18강"),
    ("자유에너지",  "부호·크기·엔트로피 포함 여부",   "19강"),
    ("실험 검증",   "결합실험 하나라도 있는가",       "20강"),
]
print("도킹 논문을 읽을 때 확인할 열 가지")
print()
for i, (a, b, c) in enumerate(checks, 1):
    print(f" {i:2d}. {a:12s} {b:28s} ({c})")
print()
print("이 논문이 통과하는 것:", 0, "개")

여기서 어디로

🧩

/fold 단백질 구조 예측

이 강의의 앞자리. 이 도킹이 올라선 바닥이 어떻게 지어졌는지

💊

/pk 약동학

11강의 ADMET 을 몸 안에서 다시 봅니다

🧷

/molassay 분자 정량

20강이 말한 결합 실험을 실제로 어떻게 하나

🎯

/tgt 표적 발굴

애초에 Ror1 을 고르는 일

고등학생여기까지 한 줄로 — 그리고 퀴즈의 함정

계산은 실험 순서를 정한다. 실험을 대신하지 않는다.

퀴즈 두 번째가 이 강의의 결론입니다 — 가장 적은 노력으로 가장 큰 효과를 낼 수 있었던 것.

더 많은 리간드도, 더 긴 MD 도, 더 좋은 컴퓨터도 아닙니다. 결합 실험 한 번이에요.

얼마나 걸리는 일인가요?

재조합 단백질을 구하고 SPR 이나 열이동분석을 한 번 돌리면 며칠입니다. 대학 실험실이면 할 수 있어요.

그 며칠이 200 ns 짜리 계산 전부보다 큰 값을 갖습니다.

마지막으로

이 논문의 표적 Ror1 에 대한 실제 약들 — zilovertamab, CAR-T — 은 전부 세포 바깥을 노립니다. 이 논문이 다룬 t-Ror1 은 세포 안쪽 조각이에요.

계산을 아무리 잘해도, 어디를 노릴지를 잘못 고르면 그 계산 전체가 다른 이야기가 됩니다. /tgt(표적 발굴)가 그 앞자리를 다룹니다.

🤔 확인 문제

이 논문에 대해 말할 수 있는 것은?

🤔 확인 문제

이 논문이 강해지려면 가장 적은 노력으로 가장 큰 효과를 낼 수 있었던 것은?

🤔 확인 문제

실제 Ror1 표적 약(zilovertamab · CAR-T)이 모두 세포 바깥을 노리는 이유가 아닌 것은?