11강 / 20강

ADMET — 붙는 것과 약이 되는 것은 다르다

FAF-Drugs3 (Mobyle server) · 7,779개가 남은 자리

ADMET 은 다섯 글자의 머리글자입니다.

🚪

A · 흡수

장에서 피로 들어가나

🚚

D · 분포

피에서 조직으로 퍼지나

⚙️

M · 대사

간이 얼마나 빨리 부수나

🚽

E · 배설

콩팥·담즙으로 나가나

그리고 T · 독성. 위 넷이 다 좋아도 독하면 끝입니다.

논문은 HTVS 를 통과한 리간드에 이 거르개를 걸어 7,779개를 남겼습니다. 순서가 중요합니다 — 도킹을 먼저 하고 ADMET 을 나중에 했어요.

고등학생택배가 도착하지 못하는 이유들

물건을 주문했는데 안 왔습니다. 이유가 여럿이죠 —

이유	ADMET 에서
애초에 발송이 안 됐다	A 흡수 — 장에서 피로 못 들어감
다른 동네로 갔다	D 분포 — 필요한 조직에 안 감
가는 길에 파손됐다	M 대사 — 간이 먼저 부숴 버림
너무 빨리 반송됐다	E 배설 — 콩팥이 바로 내보냄

그리고 T 독성 — 도착했는데 다른 것까지 망가뜨리는 경우요.

ADMET 이 도킹보다 천 배 이상 쌉니다. 순서를 뒤집으면 계산 시간이 크게 줍니다.

Python 브라우저에서 실행

# ADMET 예측이 실제로 무엇을 계산하나 — 대부분 분자 성질의 조합입니다.
descriptors = [
    ("MW",     "분자량",              "흡수·분포"),
    ("logP",   "기름/물 분배계수",     "막 투과·분포"),
    ("TPSA",   "위상 극성 표면적",      "흡수·BBB"),
    ("HBD/HBA","수소결합 주개/받개 수", "흡수"),
    ("RotB",   "회전 가능 결합 수",     "경구 생체이용률"),
    ("반응성 기","마이클 받개 등",       "독성·PAINS"),
]
print(f"{'기술자':10s}{'무엇':22s}어디에 쓰이나")
print("-" * 62)
for a, b, c in descriptors:
    print(f"{a:10s}{b:22s}{c}")
print()
print("계산 시간: 분자 하나에 밀리초.")
print("도킹 시간: 분자 하나에 초~분.")
print()
print("→ 싼 것을 먼저 거는 것이 깔때기의 원칙입니다 (1강).")

논문의 BBB 값과 분자 구조가 서로 맞지 않습니다. 구조에서 직접 계산해 보면 알 수 있어요.

Python 브라우저에서 실행

# TPSA 로 흡수를 가늠하는 흔한 규칙.
def absorb(tpsa):
    if tpsa <= 90:  return "경구 흡수 잘 됨"
    if tpsa <= 140: return "흡수 나쁨"
    return "거의 흡수 안 됨"

def bbb(tpsa):
    return "뇌로 감" if tpsa <= 70 else "뇌 장벽 못 넘음"

cases = [("아스피린", 63.6), ("이부프로펜", 37.3),
         ("아토르바스타틴", 111.8), ("PGG (추정)", 367.0)]

print(f"{'화합물':16s}{'TPSA':>7s}   경구 흡수            뇌 투과")
print("-" * 72)
for name, t in cases:
    print(f"{name:16s}{t:>7.1f}   {absorb(t):18s} {bbb(t)}")
print()
print("PGG 의 TPSA 는 367 로 추정됩니다 — -OH 15개 + 에스터 5개 (C41H32O26).")
print("이 값이면 경구 흡수는 사실상 없습니다.")
print()
print("논문이 보고한 BBB 값 0.5216 은 '뇌로 갈 수도 있다' 로 읽히지만,")
print("TPSA 367 인 분자가 BBB 를 넘는 일은 알려져 있지 않습니다.")

고등학생TPSA 라는 숫자 하나로

TPSA 는 분자에서 극성 원자(N, O)가 차지하는 표면적입니다. 구조만 있으면 계산할 수 있어요.

TPSA	뜻
≤ 70	뇌까지 간다
≤ 90	경구 흡수 잘 됨
> 140	거의 흡수 안 됨

PGG 는 약 367 입니다. −OH 15개에 에스터 5개니까요.

그런데 논문은

BBB 값 0.5216 을 보고합니다 — "뇌로 갈 수도 있다" 로 읽히죠.

TPSA 367 인 분자가 뇌 장벽을 넘는 일은 알려져 있지 않습니다. 논문의 값과 분자 구조가 서로 맞지 않아요.

🤔 확인 문제

논문이 ADMET 을 도킹 뒤에 건 것의 문제는?

🤔 확인 문제

ADMET 예측값의 올바른 쓰임은?