19강 / 20강

【실습】 실험 하나를 처음부터 짜 본다

세포를 꺼내는 날부터 결과가 나오는 날까지

지금까지 배운 것을 모아 실험 하나를 짜 봅시다.

목표: LLC1 에 Ddx54 siRNA 를 넣고, 증식이 느려지는지 IncuCyte 로 확인한다.
      군: 스크램블 대조 · siRNA #1 · siRNA #2   (각 6웰)

정해야 할 것이 여덟입니다. 각각 몇 강에서 배웠는지 함께 적었습니다.

정할 것	값	근거
세포를 언제 꺼내나	실험 10일 전	P3 → P6 까지 불리는 데 (6·12강)
마이코플라스마 검사	형질주입 직전	깨끗한 상태를 증명 (14강)
96웰에 몇 개	1 × 10⁴ / 웰	이삼일 뒤 관찰 (9강)
어느 웰을 쓰나	안쪽 60칸	edge effect 를 피한다 (9강)
촬영 간격	2시간	논문과 같게 (10강)
관찰 길이	72시간	90% 에 닿기 전까지 (11강)
반복	독립 3회	생물학적 반복 (18강)
검정	대조 대 각 siRNA	짝이 둘이니 보정 필요

고등학생세포를 꺼내는 날부터

실험 하나를 짠다는 것은 거꾸로 계산하는 일입니다. 결과가 나오는 날부터 되짚어요.

날짜	하는 일
D−14	세포를 녹임 (8강)
D−10 ~ D−3	계대하며 안정화 (6강) · 마이코플라스마 검사 (14강)
D−1	세포를 세어 심음 (7·9강)
D0	처리 시작
D0 ~ D3	IncuCyte 촬영 (10강)
D3	결과 분석 (11·13강)

세포를 녹인 날부터 실험까지 2주가 걸립니다 — 그래서 미리 계획해야 합니다.

고등학생왜 녹인 직후에 실험 안 하나

녹인 직후 세포	내용
DMSO 스트레스	회복이 필요
생존율이 낮음	죽은 세포가 섞임
증식이 불안정	지체기가 김 (11강)
붙는 능력 저하	—

최소 2~3회 계대한 뒤에 실험합니다 — 안정된 지수기에 들어가야 합니다.

형질주입일을 바꾸면 앞뒤가 전부 따라 움직입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 실험 일정을 자동으로 짠다
from datetime import date, timedelta
import numpy as np

배가 = 16.0                       # LLC1
형질주입일 = date(2026, 3, 10)

일정 = []
일정.append((형질주입일 - timedelta(days=10), "마스터 뱅크에서 해동 (P3)"))
일정.append((형질주입일 - timedelta(days=8),  "첫 계대 P4 · 1:8"))
일정.append((형질주입일 - timedelta(days=5),  "계대 P5 · 1:8"))
일정.append((형질주입일 - timedelta(days=2),  "계대 P6 · 1:8"))
일정.append((형질주입일 - timedelta(days=1),  "마이코플라스마 PCR · 96웰에 1×10^4 심기"))
일정.append((형질주입일,                        "siRNA 형질주입 (RNAiMAX)"))
일정.append((형질주입일 + timedelta(days=1),  "IncuCyte 시작 · 2시간 간격"))

# 90% 컨플루언스에 닿는 시점
시간 = np.log2(50000 * 0.9 / 10000) * 배가
끝 = 형질주입일 + timedelta(days=1 + int(시간 // 24))
일정.append((끝, f"관찰 종료 (심은 뒤 약 {시간:.0f}h)"))

for d, 할일 in 일정:
    delta = (d - 형질주입일).days
    print(f"{d}  D{delta:+3d}  {할일}")

print()
print(f"총 {(일정[-1][0] - 일정[0][0]).days}일 짜리 실험입니다.")
print("독립 3회를 하려면 이것을 세 번 — 대략 6~7주.")

고등학생설계에 반드시 넣을 것

항목	왜	강
음성 대조군	아무 처리도 안 한 기준	—
양성 대조군	실험이 작동하는지 확인	—
생물학적 반복 3회 이상	통계의 n	18강
기술적 반복	측정 잡음 감소	18강
가장자리 웰 제외	가장자리 효과	9강
무작위 배치	위치 효과를 섞음	—
맹검	가능하면 — 판독 편향 방지	—

계획 단계에서 정해진 것은 분석으로 되돌릴 수 없습니다.

🤔 확인 문제

이 실험에서 세포를 실험 10일 전에 해동하는 이유는?