화산그림은 두 가지를 한꺼번에 묻는 그림입니다 — 얼마나 변했나, 그리고 그 변화를 얼마나 믿나.
유전자 11,751개를 한 화면에 놓아야 합니다.
각 유전자마다 두 가지를 알고 있어요 —
- 얼마나 변했나 — log2 배수변화(log2FC). 1 이면 두 배
- 얼마나 믿나 — p값. 작을수록 우연 같지 않다
이 둘을 가로·세로에 놓으면 화산 모양이 나옵니다.
가운데 아래가 넓고 양옆 위가 뾰족한 모양이요.
여기서 쓰는 자료는 논문이 직접 낸 것입니다 —
GSE285342, 생쥐 LLC1 세포의 Ddx54 정상 4마리 대 녹다운 3마리 RNA-seq.
Ddx54 자신이 내려갔습니다 — 녹다운이 됐다는 뜻이죠. 그리고 Drosha·Dicer1 은 올라가고 Myc·Cd38·Cd47 은 내려갔습니다. 논문이 그림 여섯 장에 걸쳐 주장한 것이 이 일곱 줄에 다 있습니다.
논문 Fig. 3B 와 같은 모양입니다. 다만 논문은 microRNA 를, 우리는 mRNA 를 그렸어요 — 그림의 문법은 똑같습니다.
화산그림을 그릴 때 결정해야 하는 것은 문턱 두 개입니다.
| 문턱 | 흔한 값 | 무엇을 거르나 |
|---|
| 가로 (|log2FC|) | 1 (=2배) | 변화가 작아서 뜻이 없는 것 |
| 세로 (p) | 0.05, 또는 FDR 0.05 | 변화가 우연일 수도 있는 것 |
두 문턱은 서로 다른 일을 합니다. 가로는 생물학이고 세로는 통계예요.
p가 아무리 작아도 1.02배 변한 유전자는 쓸모없고,
10배 변했어도 반복 하나에서만 그랬다면 못 믿습니다.
🤔 확인 문제
화산그림의 세로축에 -log10(p) 를 쓰는 이유는?
해설 p=1e-6 과 p=1e-3 은 천 배 차이인데, 선형 축에서는 둘 다 0 근처에 붙습니다. -log10 을 씌우면 6 과 3 이 되어 거리로 읽힙니다.
🤔 확인 문제
|log2FC| ≥ 1 이라는 문턱은 몇 배 변화를 뜻하나요?
해설 log2 에서 1 은 2배, 2 는 4배, 3 은 8배입니다. log2FC = -1 이면 절반으로 줄었다는 뜻이고요.
🤔 확인 문제
p 는 아주 작은데 log2FC 가 0.05 인 유전자가 있습니다. 어떻게 볼까요?
해설 p 는 변화가 있느냐에 답하고 log2FC 는 얼마나에 답합니다. 표본이 아주 많으면 3.5% 변화도 통계적으로 유의해집니다. 그래서 문턱이 두 개인 겁니다.