19강 / 20강

종합 — 원시 카운트에서 논문 그림 한 장까지

GSE285342 → 화산 + 히트맵 + 점 그림 한 장

종합 — 원시 카운트에서 논문 그림 한 장까지
지금까지 배운 것을 한 번에 씁니다. 자료를 읽고, 정규화하고, 검정하고, 세 칸짜리 그림 한 장으로 만듭니다.

마지막 실습입니다. 논문이 공개한 원시 카운트에서 시작해 논문 그림 한 장에 해당하는 것을 처음부터 끝까지 만들어 봅니다.

1️⃣
읽기
카운트 24,419 × 7
2️⃣
정규화
CPM → log2. 5강의 로그축
3️⃣
검정
WT 4 대 KD 3, t검정
4️⃣
그리기
화산 + 히트맵 + 점. 9·10·14강
표본마다 총 읽힘량이 다릅니다. 이걸 안 맞추면 '많이 시퀀싱한 표본의 유전자가 많이 발현된다' 는 결론이 나옵니다.
Python 브라우저에서 실행
0 근처에 값이 몰려 있습니다. 발현량은 곱셈으로 움직이는 양이라 로그를 씌우는 것이 표준입니다.
Python 브라우저에서 실행
이 숫자들이 다음 그림의 재료입니다. 그림을 그리기 전에 숫자를 먼저 보는 것이 순서입니다.
Python 브라우저에서 실행
여섯 걸음을 하나씩 눌러 보세요. 무엇을 더할 때마다 그림이 어떻게 읽히는지.
불러오는 중…
논문 그림 한 장의 얼개입니다 — 전체를 보이고(A), 추린 것을 보이고(B), 결론이 되는 몇 개를 보인다(C). 대부분의 논문 그림이 이 셋으로 되어 있습니다.
Python 브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
A(화산) → B(히트맵) → C(점 그림) 배치가 하는 일은?
🤔 확인 문제
한 장의 그림 안에서 여러 칸이 같은 조건을 다룰 때, 무엇을 통일해야 하나요?