14강 / 20강
점그래프 — 점 하나에 두 값을 싣는다
논문 Fig. 5C·5J·7B·7E·7F·7G·8B — 62칸 중 7칸
단일세포 논문에서 히트맵보다 자주 보이는 그림입니다. 이 논문에도 일곱 칸이 점그래프예요.
점 하나가 유전자 하나 × 세포종류 하나 입니다. 그리고 그 점에 두 값이 실립니다.
| 통로 | 싣는 값 | 답하는 물음 |
|---|---|---|
| 점의 크기 | 발현한 세포의 비율 (%) | 이 유전자를 켠 세포가 몇이나 되나 |
| 점의 색 | 평균 발현량 (대개 z점수) | 켠 세포는 얼마나 세게 켰나 |
왜 둘을 나눠야 할까요? 평균만 보면 두 상황을 구분할 수 없기 때문입니다 — 세포 100%가 조금씩 켠 경우와, 세포 10%가 아주 세게 켠 경우의 평균이 같을 수 있어요. 표지유전자로 쓸 만한 것은 뒤쪽입니다.
논문 Fig. 5C 와 같은 문법입니다. 자료는 진짜 TCGA 폐선암 발현이고, 무리는 면역사막·중간·면역염증 세 가지예요.
Python
브라우저에서 실행
점그래프에서 반드시 있어야 하는 것이 두 개의 범례입니다. 크기 범례와 색 범례요. 하나라도 없으면 점의 절반이 읽히지 않습니다.
그리고 색을 행 z점수로 할지 원래 발현량으로 할지도 정해야 합니다. 논문 Fig. 5C 의 설명은 "scaled average expression" 이라고 적었어요 — z점수라는 뜻입니다. 그러니 그 색은 "이 유전자치고 높다" 이지 "많이 발현된다" 가 아닙니다.
히트맵이었다면 두 칸이 같은 색이었을 겁니다. 점그래프는 크기로 이 차이를 드러냅니다.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
점그래프에서 점의 크기가 나타내는 것은 보통 무엇인가요?
해설 크기는 몇 %의 세포가 켰나, 색은 평균 세기입니다. 이 둘을 나눈 것이 히트맵에 없는 정보예요.
🤔 확인 문제
점의 반지름을 값에 비례시키면?
해설 넓이 = πr². 반지름이 두 배면 넓이는 네 배입니다. 사람은 넓이로 느끼므로 값이 네 배인 것처럼 보입니다.
🤔 확인 문제
논문 설명의 'scaled average expression' 은 무슨 뜻인가요?
해설 scaled 는 대개 z점수를 뜻합니다. 그래서 붉은 점은 '많이 발현' 이 아니라 '이 유전자치고 높은 편' 입니다.