1강 / 20강

표적은 맞았는데 아무 일도 없었다

Perturb-seq Explorer API · CD4+ T세포 · WRN 세포 1,820개

실험 하나로 시작합니다. 여러분은 신약 회사의 표적 발굴 팀입니다.

파이프라인에 WRN 이 올라와 있습니다. 좋은 표적입니다 — 암 세포주에서 /wrn 강의가 20강에 걸쳐 보인 그 표적이죠. 이제 사람 세포에서 확인할 차례입니다. 마침 회사에 사람 T세포 Perturb-seq 스크린이 있습니다. 유전자 1만 1천 개를 하나씩 꺼 놓은 자료요.

WRN 을 찾아 봅니다.

세포는 1,800개 가까이 있고 녹다운도 확실히 걸렸습니다(−23.8). 그런데 흔들린 유전자가 58 · 31 · 12개뿐입니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

r = pseq.perturb("WRN")

print("표적:", r["gene"])
for c in ["Rest", "Stim8hr", "Stim48hr"]:
    d = r["conditions"][c]
    print(c.ljust(9),
          "세포", str(d["n_cells"]).rjust(5),
          "· 녹다운 세기", round(d["ontarget_effect"], 1),
          "· 흔들린 유전자", d["n_total_de"])

고등학생표적을 고를 때 빠지는 질문

보통 표적을 고를 때 이런 것을 봅니다.

흔히 보는 것	잘 안 보는 것
이 유전자가 병과 관련 있나	어느 세포에서 관련 있나
발현이 달라지나	그 세포가 지금 그 유전자를 쓰고 있나
막으면 세포주에서 죽나	사람의 그 조직 세포에서도 그런가

오른쪽 열이 이 강의의 주제입니다. 표적은 유전자 이름 하나가 아니라 유전자 × 세포 × 상태의 조합이에요.

이 스크린은 건강한 사람의 CD4+ T세포로 했습니다. WRN 은 MSI-H 암세포에서 필수인 유전자입니다.

여기서 물은 것

"건강한 T세포는 WRN 없이 살 수 있나?"
→ 살 수 있습니다. 답이 나왔습니다

물었어야 할 것

"MSI-H 암세포는 WRN 없이 살 수 있나?"
→ 못 삽니다. 다른 자료가 답합니다

둘은 다른 질문입니다. 그리고 이 자료는 첫 번째 질문에만 답할 수 있습니다.

WRN 하나만 그런 게 아닙니다. 파이프라인 표적 15개를 전부 넣어 보면 이렇습니다.

고등학생왜 CD4+ T세포인가

이 강의가 쓰는 자료는 사람의 1차 CD4+ T세포에서 나왔습니다. 세포주가 아니라 실제 사람 혈액에서 뽑은 세포예요.

	세포주	1차 세포
출처	오래전 배양된 암세포	사람에게서 갓 뽑음
다루기	쉬움 — 무한 증식	어려움 — 며칠만 살아 있음
사람과 닮음	많이 달라짐	훨씬 가까움
실험 규모	크게 가능	어려움 — 그래서 이 자료가 귀함

그리고 CD4+ T세포는 면역의 사령탑입니다. 자가면역 질환, 면역치료, 감염 — 여러 분야가 이 세포를 봅니다.

15개 중 13개가 스크린에 있습니다. 그런데 대부분 한 자릿수예요. ENPP1 은 세 조건 모두 0 입니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

print("표적      스크린   흔들린 유전자(세 조건 합)")
for gene, why in pseq.pipeline():
    r = pseq.perturb(gene)
    if "error" in r:
        print(gene.ljust(9), "없음")
        continue
    print(gene.ljust(9), "있음   ", str(r["summary"]["total_de_genes"]).rjust(6), " ", why)

그래서 20강 동안 할 일

🔧

2~6강

자료가 어떻게 만들어졌는지 보고, 파이썬으로 API 를 두드리는 도구를 손수 만듭니다

🚫

7~10강

파이프라인 표적 15개를 끝까지 몰아붙입니다. 왜 0 인지를 자료로 증명합니다

🎯

11~18강

이 세포가 실제로 답할 수 있는 표적으로 옮겨 제대로 읽습니다

🧪

19~20강

표적 하나를 처음부터 끝까지. 그리고 진짜 API 로 넘어갑니다

고등학생이 강의가 20강 동안 하는 일

강	하는 일
2–4	Perturb-seq이 무엇인가 · 이 스크린의 규모
5–7	API를 두드려 표적 목록을 표로 만든다
8–10	0을 읽는 법 — 침묵의 세 종류, 맥락, 상태
11–13	믿을 만한 숫자인지 검사한다
14–15	클러스터와 질환 연결
16–18	비교, 시뮬레이션, 함정 정리
19–20	처음부터 끝까지 한 번 · 한계

8강이 이 강의의 심장입니다. 표에 0이 적혀 있을 때 그것이 무슨 뜻인지 — 이 질문 하나가 표적 판단을 바꿔 놓습니다.

🤔 확인 문제

WRN 을 T세포에서 껐을 때 흔들린 유전자가 거의 없었습니다. 이 결과가 실제로 증명하는 것은?

🤔 확인 문제

이 강의가 말하는 '가장 비싼 실수' 는?