7강 / 20강

파이프라인 15개를 전부 넣어 본다

INSILICO-PIPELINE.md · 표적 15개 · 이 스크린에 있는 것 13개

이제 도구가 있으니 진짜 실습을 합니다. INSILICO-PIPELINE.md 에 실린 표적 열다섯 개 — 한 신약 회사가 실제로 개발 중인 것들입니다. 전부 넣어 봅니다.

섬유화·면역치료·BRCA 변이 암·MTAP 결손 암… 표적 하나하나가 수년치 연구의 결과입니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

print("표적      무엇에 쓰려던 약인가")
for gene, why in pseq.pipeline():
    print(" ", gene.ljust(8), why)

13개가 스크린에 있습니다. 그런데 n_de 칸을 보세요 — KAT6A 506, CDK12 다음은 전부 두 자릿수 아래입니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

names = [g for g, _ in pseq.pipeline()]
df = pseq.table(names)
df = df.sort_values("n_de", ascending=False, na_position="last")
print(df.to_string(index=False))

고등학생15개 중 13개 — 나머지 둘은?

스크린에 있는 것이 13개, 없는 것이 2개입니다. 없다는 것이 무슨 뜻일까요?

가능성	확인 방법
T세포에서 발현이 낮아 라이브러리에서 제외	발현 자료 확인
유전자 이름이 다름 (별칭)	다른 이름으로 재검색
사람 유전자가 아님 (예: 바이러스 단백질)	표적 정의 확인
가이드 설계 실패로 빠짐	스크린 문서 확인

세 번째가 3CLPro 같은 경우입니다. 바이러스 단백질이니 사람 유전자 라이브러리에 있을 리가 없어요. 이건 "없다"가 아니라 "여기서 물을 질문이 아니다"입니다.

세 조건을 합쳐 보면 그림이 더 분명합니다.

표적	세 조건 합 DE	무엇에 쓰려던 약
KAT6A	728	ER+/HER2− 유방암
CDK12	423	BRCAness 유도
EGLN1 (PHD)	122	염증성 장질환 · 만성콩팥병
WRN	101	MSI-H 암
QPCTL	27	차가운 종양 면역치료
TNIK	11	폐 · 콩팥 섬유화
USP1 · KIF18A · TEAD1 · DGKA · KAT6B · FGFR2	7 · 6 · 5 · 4 · 3 · 1	여러 암
ENPP1	0	항 PD-1 저항성 암
MAT2A · FGFR3	스크린에 없음	MTAP 결손 암 · 고형암

가장 큰 것이 728 입니다. 4강에서 본 이 스크린의 상위 표적은 5,000이 넘었습니다.

고등학생표를 처음 보면 무엇이 눈에 띄나

13개 × 3조건 = 39줄짜리 표가 나옵니다. 처음 보면 0이 아주 많다는 것이 눈에 들어옵니다.

관찰	첫 반응	실제로는
n_up = 0, n_down = 0	"이 표적은 중요하지 않다"	세 가지 다른 뜻일 수 있음 (8강)
세포 수가 아주 적음	그냥 넘어감	결론을 낼 수 없다는 신호 (12강)
조건마다 값이 다름	노이즈?	상태가 진짜로 다름 (10강)

이 표에서 0을 잘못 읽는 것이 이 강의가 막으려는 첫 번째 실수입니다.

WRN 은 세포 1,762개에 녹다운 −23.8. 실험은 흠잡을 데가 없습니다. 그런데 31개만 흔들렸습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 세포 수와 녹다운은 제대로 됐는지부터 확인합니다.
import pseq

print("표적       세포수   녹다운   흔들린 유전자")
for g in ["WRN", "TNIK", "ENPP1", "USP1", "KAT6A"]:
    r = pseq.perturb(g)
    d = r["conditions"]["Stim8hr"]
    print(g.ljust(9),
          str(d["n_cells"]).rjust(6),
          str(round(d["ontarget_effect"], 1)).rjust(8),
          str(d["n_total_de"]).rjust(12))

고등학생숫자만 보면 안 되는 이유

7강의 표는 전부 숫자입니다. 0도 숫자로 보여요. 그런데 숫자 뒤에는 서로 다른 사정이 있습니다.

같은 "0"	실제 사정	판정
0	제대로 껐는데 아무 변화 없음	이 세포에서 안 중요
0	제대로 못 껐음	판정 불가
0	원래 발현이 없어서 끌 것이 없음	맥락이 틀림
0	세포가 너무 적어 검출력이 없음	판정 불가

네 가지가 표에서는 똑같이 0으로 보입니다. 구분하려면 다른 열을 봐야 해요 — ontarget_effect(11강)와 n_cells(12강)입니다.

숫자 하나만 보고 결론을 내리지 않는 것 — 이 강의의 반복 주제입니다.

🤔 확인 문제

파이프라인 표적 대부분이 이 스크린에서 조용했습니다. 이것을 '실험 실패' 로 볼 수 없는 이유는?

🤔 확인 문제

이 표를 근거로 "ENPP1 은 표적으로 쓸모없다" 고 말할 수 없는 이유는?