4강 / 20강

유전자 11,526개 · 조건 셋 · 세포 수백만

Zhu, Dann et al. (2026) · 사람 1차 CD4+ T세포

자료를 만든 사람들이 정한 것이 셋 있습니다. 이 셋이 자료가 답할 수 있는 질문의 경계입니다.

🧍

어떤 세포

사람 1차 CD4+ T세포 — 세포주가 아니라 사람에게서 바로 뽑은 것

🎛️

어떤 상태

Rest · Stim8hr · Stim48hr — 자극 전, 8시간 뒤, 48시간 뒤

🎯

어떤 표적

유전자 11,526개 — 발현되는 유전자를 거의 다 덮습니다

고등학생유전자 11,526개 · 조건 셋

이 강의가 쓰는 스크린의 규모입니다.

항목	값
겨냥한 유전자	11,526개
세포 종류	사람 1차 CD4+ T세포
조건	Rest · Stim8hr · Stim48hr — 셋
세포 수	수백만

유전자 11,526개는 사람 유전자 2만 개의 절반쯤입니다. 발현되지 않는 유전자는 뺐고, 발현되는 것 중심으로 골랐어요.

조건 셋이 왜 있는지가 이 자료의 핵심입니다. T세포는 평소에 자고 있습니다. 항원을 만나야 깨어나죠. 깨어난 T세포와 자는 T세포는 거의 다른 세포입니다.

Rest      자고 있는 T세포        — 기본 살림만 돌아간다
Stim8hr   깨운 지 8시간         — 초기 반응 유전자가 폭발한다
Stim48hr  깨운 지 48시간        — 분화가 진행된다

같은 유전자를 꺼도 어느 상태에서 보느냐에 따라 결과가 전혀 다릅니다. 10강에서 이것 하나로 강 전체를 씁니다.

고등학생세 조건이 뜻하는 것

T세포는 가만히 있을 때와 활성화됐을 때가 완전히 다른 세포처럼 행동합니다.

조건	상태	비유
Rest	자극 없음 — 대기	대기 중인 소방차
Stim8hr	자극 8시간 — 막 켜짐	출동 사이렌이 울린 직후
Stim48hr	자극 48시간 — 본격 활동	현장에서 일하는 중

자극은 T세포 수용체를 건드리는 것입니다 — 실제로 항원을 만났을 때 일어나는 일을 흉내 내요.

같은 세포, 다른 상태 — 그리고 다른 답이 나옵니다. 10강에서 정면으로 봅니다.

류머티스 관절염·다발경화증·1형 당뇨·크론병… 전부 T세포가 자기 몸을 공격하는 병입니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

s = pseq.stats()
print("검사한 자가면역 질환", len(s["diseases_tested"]), "종")
print()
for d in s["diseases_tested"]:
    print("  ", d)

고등학생왜 이런 규모의 실험이 드문가

어려움	내용
1차 세포는 짧게 산다	며칠 안에 실험을 끝내야 함
1차 T세포는 감염이 어렵다	렌티바이러스가 잘 안 들어감
기증자마다 다르다	여러 기증자 세포를 써야 함
비용	단일세포 시퀀싱이 비쌈
자료 크기	수백만 세포 × 2만 유전자

그래서 이런 자료가 공개되면 아주 값집니다. 우리가 직접 실험할 수는 없지만, 남이 만든 것을 읽을 수는 있어요 — /geo 강의와 같은 태도입니다.

TADA2B·CD3E·LAT… 전부 T세포가 신호를 받거나 유전자를 켜는 데 쓰는 부품들입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이 스크린에서 가장 크게 흔들린 표적들.
import pseq

t = pseq.top_hits("Stim8hr", 8)
print("Stim8hr 에서 흔들린 유전자가 많은 표적 여덟")
print()
for h in t["hits"]:
    print(h["gene"].ljust(9), str(h["n_de"]).rjust(6), "개",
          " 녹다운", str(h["effect"]).rjust(7))

고등학생파이프라인 표적과 이 스크린의 접점

1강에서 언급한 파이프라인 표적들이 이 스크린에 얼마나 들어 있을까요. 7강에서 세어 보면 15개 중 13개가 있습니다.

확인할 것	답이 주는 정보
이 스크린에 있나	없으면 발현이 낮아 애초에 제외됐을 수도
세포 수가 몇인가	적으면 결론을 못 냄 (12강)
얼마나 눌렸나	안 눌렸으면 판정 불가 (11강)
하류가 몇 개 흔들렸나	이 세포에서의 중요도 (13강)

파이프라인 표적 중 가장 큰 것이 KAT6A로 728개의 하류 유전자를 흔들었습니다. 그런데 T세포 부품 유전자들은 5,000개가 넘어요. 9강에서 이 차이를 다룹니다.

🤔 확인 문제

이 스크린에 배양 조건이 셋(Rest·Stim8hr·Stim48hr) 있는 이유는?

🤔 확인 문제

이 스크린을 '1차 세포' 로 했다는 것의 뜻은?