Lesson 18 of 20

함정 다섯 — 이 표를 잘못 읽는 방법들

정리 · 앞의 17강에서 나온 함정을 한자리에

여기까지 나온 함정을 한자리에 모읍니다. 표적 하나를 판단할 때마다 이 다섯을 지나야 합니다.

High school이 표를 잘못 읽는 다섯 가지 방법

17강까지 나온 함정을 한자리에 모읍니다. 전부 표에서는 똑같아 보이는데 뜻이 다른 경우들이에요.

	함정	바로잡는 법	강
①	0을 "무관"으로 읽음	침묵의 세 종류를 가름	8
②	억제 확인 없이 결론	ontarget_effect를 먼저	11
③	세포 수를 무시	n_cells로 판정 가능 여부 결정	12
④	한 조건만 봄	세 조건을 모두	10
⑤	세포 종류를 안 따짐	표적이 일하는 세포인가	9

함정 1 · 침묵을 결론으로

DE 0 → "쓸모없는 표적"
확인: 녹다운(11강)과 세포 수(12강)를 먼저

함정 2 · 세포를 안 따짐

T세포 결과로 암 표적을 판단
확인: 표적에 붙은 조건이 무엇인가(9강)

함정 3 · 조건 하나만 봄

Rest 만 보고 LAT 을 버림
확인: 세 조건을 모두(10강)

함정 4 · 큰 것이 좋다

DE 1등 TADA2B 를 고름
확인: 선택성을 함께(16강)

함정 5 · 연관을 인과로

GWAS 연관 → "막으면 낫는다"
확인: 방향·세포·안전성은 별개(15강)

다섯을 지나면

비로소 후보라고 부를 수 있습니다.
결론이 아니라 후보입니다

High school다섯 함정의 공통점

다섯 가지가 다르게 보이지만 뿌리는 하나입니다.

숫자 하나만 보고, 그 숫자가 어떤 조건에서 나왔는지를 묻지 않는 것.

물어야 할 조건	대응하는 함정
충분한 세포에서 봤나	③
실험이 성립했나	②
맞는 세포에서 봤나	⑤
맞는 상태에서 봤나	④
0의 정체가 무엇인가	①

표를 볼 때 이 다섯 질문을 순서대로 던지면 대부분의 오독을 막을 수 있습니다.

ZAP70 과 ARNT 만 통과합니다. TADA2B 는 선택성에서, WRN·ENPP1 은 침묵에서 걸립니다.

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# 다섯 함정을 다 통과하는 검사기.
import pseq

def audit(gene):
    r = pseq.perturb(gene)
    out = [gene]
    if "error" in r:
        return out + ["스크린에 없음"]

    notes = []
    conds = r["conditions"]
    kd = max((abs(c.get("ontarget_effect") or 0) for c in conds.values()), default=0)
    cells = max((c.get("n_cells", 0) for c in conds.values()), default=0)
    best = max((c.get("n_total_de", 0) for c in conds.values()), default=0)
    rest = conds.get("Rest", {}).get("n_total_de", 0) or 0

    if kd < 10:   notes.append("녹다운 약함(함정1)")
    if cells < 100: notes.append("세포 부족(함정1)")
    if best < 50: notes.append("이 세포에서 조용함(함정2)")
    if best and rest and best / rest < 2: notes.append("상태 선택성 낮음(함정4)")
    if r["summary"]["n_disease_associations"] == 0: notes.append("질환 연관 없음")

    return out + (notes if notes else ["다섯 관문 통과"])

for g in ["ZAP70", "LAT", "TADA2B", "WRN", "ENPP1", "ARNT"]:
    res = audit(g)
    print(res[0].ljust(9), " · ".join(res[1:]))

High school왜 이 함정에 자주 빠지나

이유	내용
표가 깔끔해 보임	숫자가 정렬돼 있으면 다 같은 자격처럼 보임
0이 명확해 보임	"없음"이라는 확정적 인상을 줌
맥락 정보가 다른 열에 있음	보려면 옆으로 눈을 옮겨야 함
원하는 답이 있음	내 표적이 좋다는 결과를 바라게 됨

깔끔한 표일수록 의심해야 합니다 — 정리 과정에서 맥락이 지워졌을 수 있습니다.

High school습관으로 만들기

매번 다섯 가지를 떠올리기는 어렵습니다. 절차로 만들어 두면 자동으로 걸러집니다.

절차	내용
표를 만들 때 다섯 열을 반드시 포함	gene, condition, n_cells, ontarget, n_up/down
세포 수 문턱을 미리 정해 둠	예: 200 미만은 "미판정"으로 표시
0을 그대로 두지 않고 이유를 적음	"0 (억제 미확인)" 처럼
결론에 세포와 상태를 명시	"CD4+ T세포 Stim48hr에서"

마지막 줄이 특히 중요합니다. "WRN은 별로 안 중요하다"가 아니라 "CD4+ T세포에서 WRN을 껐을 때 하류 변화가 58개였다"라고 적으면, 읽는 사람이 스스로 판단할 수 있어요.

결론에 조건을 붙이는 것이 정직함이면서 동시에 유용함입니다.

🤔 Check yourself

어떤 표적이 다섯 관문을 모두 통과했습니다. 이것이 뜻하는 것은?

🤔 Check yourself

함정 2(세포를 안 따짐)가 이 강의에서 특히 강조된 이유는?