9강 / 20강

세포가 곧 맥락이다

파이프라인 표적 중앙값 6 대 T세포 부품 5,000+

8강에서 ③ — "이 세포가 그 유전자를 안 쓴다" — 를 판정했습니다. 이번 강은 그 반대편입니다. 이 세포가 쓰는 유전자는 어떻게 생겼는가.

중앙값이 수십 배 차이납니다. 같은 자료, 같은 계산인데요.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

pipe = [g for g, _ in pseq.pipeline()]
prac = pseq.practice()[:30]

a = pseq.table(pipe); a = a[a["found"]]
b = pseq.table(prac); b = b[b["found"]]

print("파이프라인 표적 (암 표적)   n =", len(a))
print("   DE 중앙값", int(a["n_de"].median()), " 최대", int(a["n_de"].max()))
print()
print("T세포 표적                 n =", len(b))
print("   DE 중앙값", int(b["n_de"].median()), " 최대", int(b["n_de"].max()))

고등학생중앙값 6 대 5,000+

이 스크린에서 나온 숫자입니다. 파이프라인 표적들의 하류 변화 중앙값이 6개인 반면, T세포 부품 유전자들은 5,000개가 넘어요.

유전자 무리	하류 변화	왜
파이프라인 표적 (암·섬유증)	중앙값 6	T세포의 주업이 아님
T세포 신호 부품 (CD3E, ZAP70, LAT)	5,000+	이 세포의 핵심 기계

1,000배 가까운 차이입니다. 이건 파이프라인 표적이 나쁘다는 뜻이 아니에요. 이 세포가 그들의 무대가 아니라는 뜻입니다.

왜 이렇게 갈리나

T세포가 하는 일을 생각해 보면 당연합니다.

T세포가 늘 쓰는 것

CD3E · LAT · ZAP70 · PLCG1
항원을 알아보고 신호를 안으로 전달하는 부품.
빼면 T세포가 T세포이기를 그만둡니다

T세포가 안 쓰는 것

WRN · TNIK · ENPP1 · KIF18A
망가진 DNA 매듭 풀기, 섬유화 신호, 종양 대사.
건강한 T세포에는 그런 일이 없습니다

/wrn 강의가 20강 내내 말한 것이 이것입니다 — WRN 은 MSI 암세포에만 산더미처럼 쌓인 매듭을 풉니다. 건강한 T세포에는 풀 매듭이 없으니 WRN 이 놀고 있는 것이고, 놀고 있는 일꾼은 없애도 티가 안 납니다.

고등학생그럼 이 스크린은 쓸모없나

아닙니다. 오히려 두 가지 중요한 것을 알려 줍니다.

알려 주는 것	왜 유용한가
이 표적을 막아도 T세포는 멀쩡하다	안전성 정보 — 면역 부작용이 적을 것
이 표적이 T세포에서 뭔가를 한다	예상 못 한 면역 효과 — 경고이거나 기회

"아무 일도 안 일어남"이 나쁜 소식이 아닐 수 있습니다 — 그 세포에서는 안전하다는 뜻이니까요.

항암제를 만들 때 T세포가 죽으면 큰 문제입니다. 면역치료를 같이 쓰려면 더욱 그래요. 그러니 "T세포에서 아무 변화 없음"은 유용한 정보입니다.

세 줄이 같은 이야기를 합니다. MSI 인 세포만 WRN 없이 못 삽니다.

Python 브라우저에서 실행

# 같은 표적, 다른 세포. 두 자료를 나란히 놓아 봅니다.
import pseq

print("WRN 을 껐을 때")
print()
print("  MSI-H 암세포주 (/wrn 강의, DepMap)   유전자 효과 -0.91  → 죽는다")
print("  MSS 암세포주   (/wrn 강의, DepMap)   유전자 효과 -0.07  → 멀쩡")
d = pseq.perturb("WRN")["conditions"]["Stim8hr"]
print("  사람 CD4+ T세포 (이 강의)            흔들린 유전자", d["n_total_de"], " → 멀쩡")

고등학생맞는 세포를 고르는 법

표적을 판정하려면 그 표적이 일하는 세포에서 봐야 합니다.

표적	봐야 할 세포
WRN (MSI-H 암)	MSI-H 대장암 세포주
TNIK (폐섬유증)	폐 섬유아세포
ENPP1 (면역 조절)	종양세포·기질세포
ZAP70, CD3E	T세포 — 바로 이 스크린

그래서 Perturb-seq 자료는 세포 종류별로 여러 개가 필요합니다. 지금은 몇 가지 세포에 대해서만 있어요. 앞으로 늘어날 겁니다.

"어느 세포에서 봤나"를 묻지 않은 표적 판정은 절반만 읽은 것입니다.

🤔 확인 문제

이 T세포 스크린 결과가 `/wrn` 강의의 결론과 어떤 관계입니까?

해설 /wrn 은 암 세포주 CRISPR 로 "MSI 가 아니면 WRN 은 무해" 라고 했고, 여기서는 T세포 Perturb-seq 로 같은 결과가 나왔습니다. 방법이 다른데 답이 같은 것이 가장 강한 증거입니다.

🤔 확인 문제

"이 표적은 좋다" 는 문장이 반쪽짜리인 이유는?