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Dr. Son's Perturb-seq for Drug Discovery, First Steps

The target was right.
Nothing happened.

We take 15 targets from a real drug pipeline and put them straight into a live Perturb-seq API. Plenty of cells, confirmed knockdown — and almost every answer is zero.
The experiment did not fail. The cell was the wrong question. You make that mistake deliberately over nine lessons, then move to the targets this data can answer. You build the Python client yourself.

🐍 Python🎯 target discovery🧬 Perturb-seq 🔌 live API🛡️ autoimmunity⚡ CRISPRi🇬🇧 English
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How you'll learn

🔌Against a live API

You learn the six endpoints of a Perturb-seq server that is actually running. The real contract, not a mock.

🚫You make the mistake first

You put in 15 pipeline targets and get almost all zeros. Reading that silence is half of this course.

🐍You build the tool

You write the function that sends the request and turns JSON into a table. You use it for the next fourteen lessons.

🎛️Simulate before you spend

Turn the knobs for knockdown, cell count and cell state. You see which designs can answer before you run one.

Full curriculum

01
표적은 맞았는데 아무 일도 없었다
Perturb-seq Explorer API · CD4+ T세포 · WRN 세포 1,820개
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02
유전자를 끄고, 세포를 한 개씩 읽는다
Dixit A, et al. Cell 167:1853-1866 (2016) · Perturb-seq
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03
자르지 않고 끈다 — CRISPRi
Gilbert LA, et al. Cell 154:442-451 (2013) · dCas9
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04
유전자 11,526개 · 조건 셋 · 세포 수백만
Zhu, Dann et al. (2026) · 사람 1차 CD4+ T세포
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05
API 를 두드린다 — 첫 요청
Perturb-seq Explorer API · FastAPI · 엔드포인트 6개
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06
파이썬으로 도구를 만든다
실습 · 표적 목록을 한 표로 만드는 함수
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07
파이프라인 15개를 전부 넣어 본다
INSILICO-PIPELINE.md · 표적 15개 · 이 스크린에 있는 것 13개
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08
0 을 읽는 법 — 침묵에는 세 종류가 있다
ENPP1 세 조건 모두 0 · WRN 58·31·12
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09
세포가 곧 맥락이다
파이프라인 표적 중앙값 6 대 T세포 부품 5,000+
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10
같은 세포인데 4 에서 5,536 으로
LAT · CD3E · ZAP70 · Rest 대 Stim8hr
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11
제대로 껐는가 — ontarget_effect
표적 자신이 얼마나 눌렸는지를 먼저 본다
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12
세포 수가 결론을 정한다
ZAP70 Stim48hr 세포 52개 · CD3E Stim48hr 91개
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13
무엇이 흔들렸나 — 올라간 것과 내려간 것
n_up · n_down · 하류 유전자
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14
혼자 일하지 않는다 — 기능 클러스터
클러스터 112개 · 22번 TCR signaling
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15
클러스터에서 질환으로 — ZAP70 과 자가면역 일곱
GWAS 농축 · 자가면역 17종 · 유의한 연관 185건
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16
표적을 나란히 놓는다
/api/compare · 한 번에 최대 10개
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17
섭동을 흉내 낸다 — 실험 전에 손으로 돌려 본다
시뮬레이션 · 녹다운 정도 · 세포 수 · 상태
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18
함정 다섯 — 이 표를 잘못 읽는 방법들
정리 · 앞의 17강에서 나온 함정을 한자리에
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19
표적 하나를 처음부터 끝까지
종합 실습 · 병을 고르고 표적을 찾아 판정까지
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20
말할 수 있는 것과 없는 것 — 그리고 진짜 API 로
정리 · http://192.168.219.45:8500
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