같은 곡을 다른 악보로 적는다 — 그런데 악보가 연주를 바꾼다

III 권에서 구조체 하나를 지었습니다. 아미노산 309개 짜리 다중 에피토프 구조체(MEVC) 입니다. 그리고 견줄 상대로 전장 스파이크 단백질 1273 아미노산 이 있습니다.

둘 다 아미노산 서열입니다. 그런데 백신으로 몸에 넣는 것은 mRNA 입니다. 아미노산을 뉴클레오타이드로 옮겨 적어야 합니다.

그래서 309 아미노산은 927 뉴클레오타이드, 1273 아미노산은 3819 뉴클레오타이드 가 됩니다. 곱하기 3 입니다.

악보 비유 — 그리고 이 비유가 깨지는 자리

같은 곡을 사장조로도 적고 다장조로도 적을 수 있습니다. 귀에 들리는 음높이는 옮겨 적어도 유지할 수 있고, 연주자가 보는 기호만 달라집니다. 코돈 최적화도 그렇습니다 — 단백질은 그대로, 적힌 글자만 바뀝니다.

비유가 깨지는 자리가 있습니다. 악보는 종이일 뿐이고 곡에 영향을 주지 않습니다. 그런데 mRNA 는 자기가 적힌 글자 때문에 스스로 접힙니다. 글자가 곧 분자입니다. 철자를 바꾸면 분자의 모양이 바뀌고, 모양이 바뀌면 리보솜이 읽는 속도가 바뀝니다.

이 걸음에서 정해지는 것 두 가지

두 목표는 서로 당깁니다. 흔한 철자만 골라 쓰면 구조가 나빠질 수 있고, 구조만 챙기면 드문 철자가 끼어듭니다. 9강에서 이 당김을 λ 라는 손잡이 하나로 다루게 됩니다.

이 권의 중심 한 줄 — 미리 말해 둡니다

위 네 숫자 가운데 가장 잘못 읽히는 것이 MFE 입니다. −1231.20 과 −299.50 을 나란히 놓고 "전체 CDS 가 네 배 더 안정하다" 고 말하면 틀립니다.

두 비가 거의 같습니다. MFE 는 길이를 따라 커지고, 길이로 나누면 두 서열이 사실상 같은 수준임이 드러납니다. 7강에서 이것을 직접 그려 봅니다.

이 걸음의 앞과 뒤

12강에서 BamHI 와 XhoI 자리를 피하는 까닭이 여기 있습니다 — V 권의 클로닝이 그 두 자리를 씁니다. 이 걸음에서 실수하면 다음 걸음이 막힙니다.