Lesson 16 of 20
남이 이미 다시 처리해 두었다 — recount3 · ARCHS4
직접 내려가지 않고 표준화된 자료를 얻는 길
15강의 값을 보고 나면 자연스러운 질문이 나옵니다 — "누가 이미 해 두지 않았을까?"
했습니다. 여럿이요.
| 자원 | 무엇을 해 두었나 | 받는 것 |
|---|---|---|
| recount3 | 사람·생쥐 RNA-seq 수십만 표본을 하나의 파이프라인으로 | 유전자·엑손·이음매 카운트 |
| ARCHS4 | 사람·생쥐 RNA-seq 을 kallisto 로 통일 | 유전자 카운트 행렬 |
| GTEx | 정상 조직 수십 종을 한 프로토콜로 | 조직별 정상 발현 기준값 |
| SRA 클라우드 | 원자료를 클라우드에 두고 그 자리에서 계산 | 내려받지 않고 처리 |
가운데 길이 넓습니다. 아래로 갈 이유가 있을 때만 내려가세요.
Python
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SRA 클라우드는 다른 접근입니다. 자료를 내 컴퓨터로 가져오는 대신 자료가 있는 곳으로 계산을 보냅니다.
예전 방식
4.4 TB 를 내려받는다 → 내 디스크에 둔다 → 계산한다
디스크와 회선이 병목입니다.
디스크와 회선이 병목입니다.
클라우드
자료는 클라우드에 그대로 → 계산도 거기서 → 결과만 받는다
계산 비용이 병목입니다.
계산 비용이 병목입니다.
병목이 디스크에서 돈으로 옮겨 간 것이라고 보면 됩니다. 연구실 사정에 따라 어느 쪽이 나은지 달라져요.
원자료는 크고 결과는 작습니다. 계산을 자료 쪽으로 보내는 이유입니다.
Python
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🤔 Check yourself
recount3 나 ARCHS4 같은 재처리 자원의 가장 큰 이점은?
Answer GEO 는 표본마다 다른 결정이, 재처리 자원은 같은 결정이 박혀 있습니다. 메타분석에서는 그 차이가 큽니다.
🤔 Check yourself
SRA 클라우드 방식이 바꾸는 것은?
Answer 자료를 옮기는 대신 계산을 자료 쪽으로 보냅니다. 결과만 받으면 수만 배 작아져요.