20강 / 20강

우리가 본 것과 못 본 것 — 그리고 다음 데이터셋으로

20강의 정리 · 이 자료의 한계 · 다음에 열어 볼 파일들

우리가 본 것과 못 본 것 — 그리고 다음 데이터셋으로
데이터셋 하나를 끝까지 열어 봤습니다. 이제 다음 데이터셋은 훨씬 덜 무섭습니다.

1강에서 우리 앞에 있던 것은 열 수도 없는 .h5 파일 네 개였습니다. 지금은 그 안에 무엇이 들어 있고, 어떤 결정이 이미 내려져 있으며, 어디까지 말할 수 있고 어디부터 말하면 안 되는지를 알고 있습니다.

20강에서 한 일과 하지 않은 일을 눌러 확인해 보세요.
불러오는 중…

우리가 실제로 확인한 것

✔파일의 정체 — 32,285 유전자 × 40,100 세포, mm10, 10x 5′ v2, CD45⁺ 선별, CellRanger 로 처리(파일 속성 기준 7.0.1)
✔품질 — QC 통과 37,428개(93%). 미토 86%짜리 죽은 세포도 섞여 있었다
✔구성 — 호중구가 지배적인 골수계 우세 종양. HVG 상위가 그 사실을 그대로 말해 준다
✔논문의 핵심 주장 — Ddx54 KD + 항-PD1 에서 T+NK 가 2.4% → 21.3% 로 급증하고 호중구는 절반으로 줄었다. 원자료에서 다시 세어 재현됨
✔주석 — 비지도 군집이 논문이 쓴 표지자 체계와 대체로 일치했다

우리가 확인하지 못한 것 — 이것도 결과입니다

✖통계적 유의성 — 조건마다 생쥐 한 마리. 관찰은 있어도 검정은 불가능하다
✖B세포 — 논문은 보고했지만 우리 조각에서는 잡히지 않았다. 드문 집단은 표본을 줄이면 사라진다
✖유전자 수준 차등발현 — 상위가 해리 스트레스 유전자(Fos·Jun·Egr1)로 채워졌다. 보고할 수 없다
✖논문의 세포 수 29,343 — 부록에 적힌 QC 를 그대로 적용하면 38,469가 나온다. 적히지 않은 단계가 있다
✖종양 전체 대비 면역세포 비율 — CD45⁺ 만 뽑았으므로 분모가 없다. 논문이 공간전사체를 따로 쓴 이유
✖이중세포 제거 — 흔적만 확인했고 전용 도구로 제거하지는 않았다

"확인하지 못한 것" 목록을 쓸 수 있는 사람이 자료를 제대로 다룬 사람입니다. 할 수 있는 것만 늘어놓는 보고서는 읽는 사람을 속입니다.

1강에서 열지도 못했던 파일이, 이제 스무 줄이면 결론까지 갑니다.
Python 브라우저에서 실행

다음에 열어 볼 파일들

이 논문 하나에도 우리가 손대지 않은 자료가 세 벌 더 있습니다. 전부 GEO 에 공개되어 있고, 여러분은 이제 이것들을 열 수 있습니다.

등록번호자료새로 배워야 할 것
GSE285342벌크 RNA-seq (LLC1 WT vs Ddx54 KD)개수 행렬은 같지만 표본이 몇 개뿐 — DESeq2 식 검정
GSE289119miRNA-seq단순한 TSV 한 장. 오히려 쉬운 출발점
GSE285341Xenium 공간전사체세포마다 좌표가 있다. zarr 형식, 파일 48 GB

특히 공간전사체가 흥미롭습니다. 우리가 8강에서 "이 자료로는 답할 수 없다" 고 했던 "종양 전체에서 면역세포가 어디에 얼마나 있는가" 를 바로 그 자료가 답합니다. 그리고 파일 형식이 zarr 로 완전히 다르죠. 하지만 여는 순서는 똑같습니다 — 구조를 훑고, 모양을 확인하고, 품질을 재고, 그림을 찍는다.

🤔 확인 문제
이 20강에서 논문의 핵심 주장을 재현할 때, 우리가 정직하게 말할 수 있는 것은?
🤔 확인 문제
이 강의가 반복해서 강조한 '남의 파일을 여는 순서'는?
🤔 확인 문제
결과 보고서에 '확인하지 못한 것' 목록을 함께 쓰는 이유는?