어떤 유전자가 달라졌나 — 화산도와 그 안의 함정

구성비 다음으로 궁금한 것은 같은 세포 유형 안에서 유전자 발현이 달라졌는가 입니다. 호중구는 양쪽에 다 있으니, WT 의 호중구와 KD 의 호중구를 비교해 보는 것이죠.

표준 도구는 화산도(volcano plot) 입니다. 가로축은 얼마나 달라졌나(log2 배수변화), 세로축은 얼마나 확실한가(−log10 p값). 오른쪽 위와 왼쪽 위에 있는 점들이 관심 대상입니다.

더 근본적인 문제 — 세포는 반복이 아니다

위 검정에서 우리는 세포 571개 vs 561개로 t검정을 했습니다. n 이 크니 p값이 1e-20 처럼 나오죠. 그런데 이 숫자는 거짓말입니다.

571개 세포는 생쥐 한 마리에서 나왔습니다. 통계적으로 독립인 표본은 하나예요. 같은 생쥐의 세포들은 그 생쥐의 나이·크기·그날 컨디션·해리 시간을 공유합니다. 이걸 무시하고 세포를 n 으로 세는 것이 유사복제(pseudoreplication) 입니다.

2020년 전후로 이 문제가 크게 지적되면서, 지금은 유사벌크(pseudobulk) 가 표준이 되었습니다. 방법은 아주 간단해요 — 개체마다 세포를 합쳐 한 줄로 만든 뒤, 개체 수준에서 검정합니다.