속지 않는 법 — 원자료가 파 놓은 함정 여덟 개

여기까지 오면 그림도 나오고 숫자도 나옵니다. 그리고 바로 이 지점이 가장 위험합니다. 결과가 그럴듯할수록 검증을 건너뛰고 싶어지거든요.

이 강의는 제가 실제로 빠졌거나, 남이 빠지는 것을 본 함정들을 모은 것입니다.

① 배치효과 — 처리 순서가 생물학처럼 보인다

표본을 다른 날, 다른 순서로 처리하면 그 흔적이 발현에 남습니다. 조건과 배치가 겹쳐 있으면(WT 는 월요일, KD 는 화요일) 영원히 분리할 수 없어요. 검사법은 13강에서 했습니다 — 지도를 표본 색으로 칠해 보는 것.

② 이중세포 — 한 방울에 세포 두 개

10x 에서 세포를 많이 넣을수록 1~10% 가 이중세포입니다. T세포 + 대식세포가 겹치면 "Cd3e 와 C1qa 를 동시에 켠 신종 세포" 처럼 보이죠. 논문이 되기도 합니다 — 잘못된 논문이.

③ 주변 RNA — 모든 세포에 조금씩 묻어 있다

8강에서 확인했듯 CD45⁺ 세포에서도 Epcam 이 조금씩 검출됩니다. 터진 세포의 RNA 가 모든 방울에 섞여 들어간 거예요. 발현이 낮은 유전자일수록 이 오염의 비중이 큽니다.

④ 세포주기 — 같은 세포가 두 덩어리로

분열 중인 세포는 Mki67·Top2a 가 켜져 있어 따로 뭉칩니다. "증식성 대식세포"가 대식세포와 별개 유형처럼 보이는 것이죠. 필요하면 세포주기 점수를 회귀로 제거합니다.

⑤ 성별 — Xist 하나로 배치가 갈린다

암수 생쥐를 섞으면 Xist(암컷)와 Y 염색체 유전자가 강한 변동 요인이 됩니다. HVG 상위에 Xist·Ddx3y·Uty 가 보이면 바로 확인해야 합니다.

⑥ 순환논증 — 나눈 기준으로 다시 검정하기

14강에서 다뤘습니다. 군집화에 쓴 유전자로 그 군집의 유의성을 주장하면 안 됩니다.

⑦ 유사복제 — 세포를 표본 수로 세기

17강에서 다뤘습니다. 검정의 단위는 개체입니다.

⑧ 정규화 배율 차이 — 남의 문턱을 그대로 가져오기

9강에서 봤듯 이 논문은 100,000 배율을 썼습니다. 10,000 배율을 전제로 만든 "발현량 > 1" 같은 문턱을 그대로 옮기면 완전히 다른 결과가 나옵니다.