20강 / 20강

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

스무 강 정리 · 이 강의가 손대지 않은 것 · 다음에 갈 곳

한 가지만 다뤘습니다. TCR 과 HLA 가 만나는 자리. 수용체를 어떻게 만드는지도, 조각이 어떻게 홈에 올라가는지도 건드리지 않았습니다.

그 한 자리에서 나온 것을 정리합니다.

고등학생말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

확인한 것	확인하지 못한 것
다형성이 홈에 몰려 있다 (8강)	교차반응의 실제 크기 (16강)
보조수용체 결합 부위가 보존됨 (9강)	배선 편향 대 흉선 선택 (4강)
두 클래스의 TCR 이 비슷하다 (10강)	—
A*02:01 이 자료의 57% (7강)	실제 중요도

확인한 것들의 공통점

전부 구조나 이론이 예측한 것 을 대규모 서열 자료 로 확인한 것이다.

예측이 명확할수록 확인도 명확하다

스무 강을 세 문장으로

👀

둘을 함께 본다

TCR 은 조각도 접시도 아닌 둘이 붙은 한 면을 봅니다. 그래서 접시가 다르면 같은 조각도 다른 것이 됩니다.

📍

다형성은 홈에만 있다

사람마다 다른 자리는 TCR 이 닿는 면에 몰려 있고, 보조수용체가 잡는 받침대는 거의 안 움직입니다. 그래서 CD8 은 모든 클래스 I 에 붙습니다.

⏱️

세기가 아니라 시간

약하게 붙되 충분히 오래 머물러야 신호가 완성됩니다. 약한 것은 미완성이 아니라 설계였습니다.

고등학생VDJdb 라는 자료의 여정

6강에서 처음 열었던 자료가 스무 강에서 여러 역할을 했다.

강	한 일
6강	처음 열고 구조를 봄
7강	HLA 편향을 숫자로 잼
10강	결론을 뒤집을 뻔함
16강	교차반응의 크기를 깎음
19강	누가 치료를 받느냐의 문제로 도착

같은 자료가 여러 물음에 답했다

그리고 답할 수 없는 물음 도 여럿 드러났다.

자료를 여러 각도에서 보면 그 자료의 한계도 여러 각도에서 보인다.

하나의 자료를 오래 들여다보면 그 자료가 무엇을 못 하는지도 알게 된다

숫자가 어디서 왔는지 헷갈리면 이 셀로 돌아오세요.

Python 브라우저에서 실행

# 이 강의가 쓴 숫자를 한 번에 다시 뽑는다
import thla

f = thla.facts()
print("자료")
print(f"   VDJdb 사람 줄 수        {f['n_vdj']:>10,}")
print(f"   클래스 I / II           {f['n_class']['I']:>10,} / {f['n_class']['II']:,}")
print(f"   고유 에피토프 I / II    {f['n_epitope']['I']:>10,} / {f['n_epitope']['II']:,}")
print(f"   표에 나온 대립유전자     {f['n_allele_seen']['I']:>10} / {f['n_allele_seen']['II']}")
print()
print("접시")
print(f"   HLA-A 대립유전자        {f['hla_n']['A']:>10,}")
print(f"   HLA-E 대립유전자        {f['hla_n']['E']:>10,}")
print(f"   HLA-A α1 엔트로피       {f['hla_domain']['A']['domain']['α1']['엔트로피']:>10.4f}")
print(f"   HLA-A α3 엔트로피       {f['hla_domain']['A']['domain']['α3']['엔트로피']:>10.4f}")
print()
print("교차반응")
print(f"   서로 다른 CDR3β         {f['cross']['n_cdr3b']:>10,}")
print(f"   두 가지 이상            {f['cross']['multi']:>10,}")

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

말할 수 있다

· HLA 다형성이 어느 도메인에 몰려 있는지
· 보조수용체가 잡는 고리가 얼마나 안 변하는지
· 이 표에 어떤 접시·조각이 몇 줄씩 들어 있는지
· 같은 CDR3β 가 몇 가지 조각에 걸쳐 있는지
· 문헌 빈도로 대략 몇 % 를 덮는지

말할 수 없다

· 어떤 TCR 이 실제로 얼마나 세게 붙는지 (우리는 K_D 를 재지 않았다)
· 교차반응의 진짜 크기 (시험한 조각만 안다)
· 어떤 조각이 면역원성이 있을지 (예측하지 않았다)
· 특정 환자에서 치료가 들을지
· 구조가 어떻게 생겼는지 (좌표를 쓰지 않았다)

오른쪽 상자가 더 깁니다. 그게 정상입니다.

고등학생이 강의가 손대지 않은 것

다루지 않은 것	왜
γδ T세포	MHC 제한이 다름 — 별개 주제
흉선 선택의 세부	발생학 영역
TCR 구조 예측	계산 도구 영역
신생항원 예측 알고리즘	/antigen · /tmb
TCR 레퍼토리 분석	/tcell

범위를 정하는 것도 설계다

모든 것을 다루면 아무것도 깊이 못 다룬다. 이 강의는 TCR 과 HLA 의 짝 에 집중했다.

무엇을 다루지 않는지 밝히는 것이 무엇을 다루는지 밝히는 것만큼 중요하다

다음에 갈 곳

더 알고 싶은 것	가는 곳
이 수용체를 어떻게 만드나 — V(D)J 재조합과 레퍼토리	「T세포 수용체와 레퍼토리 첫걸음」
조각이 어떻게 홈에 올라가나 — 프로테아좀 · TAP · 신생항원	「항원제시와 신생항원 첫걸음」
붙은 다음 무엇이 켜지나 — PD-1 · CTLA-4 · 관문 약	「면역관문과 면역치료 첫걸음」
T세포의 일생과 아형 — 나이브 · 기억 · 소진	「T세포 첫걸음」
종양이 어떻게 빠져나가나 — 회피의 전체 지도	「종양 면역회피 첫걸음」

다섯 강의 모두 이 강의와 같은 자리에서 갈라집니다. 어디로 가든 조각과 접시 라는 말은 계속 쓰게 됩니다.

고등학생다음에 갈 곳

관심	과목
TCR 레퍼토리 자료 분석	/tcell
항원 제시의 세부	/antigen
신생항원과 변이 부담	/tmb
MHC 소실과 면역 회피	/escape
TCR-T 치료	/celltx
NK 의 MHC 인식	/innate

이 강의가 남기려는 한 문장

T세포가 보는 것은 조각도 접시도 아니라 둘이 합쳐진 하나의 면 이다.

그러니 면역 인식은 병원체의 성질 만으로 정해지지 않는다. 내가 어떤 접시를 가졌느냐 가 함께 정한다.

그 사실이 이식 거부부터 치료 접근성까지 이 강의에서 본 거의 모든 것을 설명한다.

면역 인식은 개인차를 전제로 설계되어 있다 — 그것이 강점이자 불평등의 뿌리다

🤔 확인 문제

이 강의가 잰 것이 아닌 것은?

🤔 확인 문제

보조수용체가 잡는 고리가 거의 변하지 않는다는 사실이 중요한 이유는?

🤔 확인 문제

이 강의가 스무 강 내내 되돌아온 경고는?