9강 / 20강

종점이 넷이다 — 무엇을 '사건' 이라 부를 것인가

OS · DSS · DFI · PFI

생존 분석을 하려면 두 가지가 필요합니다 — 얼마나 지켜봤나(시간) 와 그동안 무슨 일이 일어났나(사건). 둘째가 문제입니다. "무슨 일" 을 무엇으로 정할지에 따라 종점이 넷으로 갈라져요.

종점	사건은 무엇인가	언제 쓰나
OS 전체생존	어떤 원인으로든 사망	가장 단단하다. 기본값
DSS 질병특이생존	이 암 때문의 사망	사인이 적혀 있을 때
DFI 무병기간	완전관해 뒤 재발	완전관해에 이른 환자만
PFI 무진행기간	진행·재발·사망 중 먼저	추적이 짧을 때 가장 예민

고등학생종점이 넷이다

"생존"이라고 해도 무엇을 사건으로 보느냐가 다릅니다.

종점	사건
OS (전체생존)	모든 원인의 사망
DSS (질병특이생존)	그 암으로 인한 사망
DFI (무병기간)	재발
PFI (무진행기간)	진행 또는 재발 또는 사망

같은 환자 자료로 네 가지 다른 곡선이 나옵니다.

DFI 는 절반 넘게 비어 있습니다. 6,494개 표본에서 쓸 수 없어요.

Python 브라우저에서 실행

import pandas as pd

c = pd.read_csv("tcga_clinical.tsv", sep="\t", dtype={"stage": str})

print("%-6s %8s %8s %8s" % ("종점", "쓸수있음", "빈칸", "사건"))
for ep in ["OS", "DSS", "DFI", "PFI"]:
    쓸수 = (c[ep].notna() & c[ep + "_time"].notna()).sum()
    사건 = (c[ep] == 1).sum()
    print("%-6s %8s %8s %8s" % (ep, format(쓸수, ","),
                                format(len(c) - 쓸수, ","), format(사건, ",")))

고등학생무엇을 골라야 하나

상황	적합한 종점
가장 객관적	OS — 사망은 명확
추적 기간이 짧음	PFI — 사건이 더 많음
다른 원인 사망이 많음 (고령)	DSS
조기암	DFI

Liu 등(2018)이 암종마다 어느 종점을 권장하는지 정리해 두었습니다.

DFI 는 208명뿐입니다. 같은 코호트라고 말하기 어려운 크기예요.

Python 브라우저에서 실행

import pandas as pd

c = pd.read_csv("tcga_clinical.tsv", sep="\t", dtype={"stage": str})
lu = c[c["type"] == "LUAD"]

print("LUAD %d 표본에서" % len(lu))
print()
for ep in ["OS", "DSS", "DFI", "PFI"]:
    쓸수 = (lu[ep].notna() & lu[ep + "_time"].notna()).sum()
    사건 = (lu[ep] == 1).sum()
    print("  %-4s 쓸 수 있는 표본 %3d · 사건 %3d · 사건비율 %4.0f%%"
          % (ep, 쓸수, 사건, 100 * 사건 / max(쓸수, 1)))

네 곡선이 전부 다릅니다. 종점을 고르는 것은 결론을 고르는 일에 가깝습니다.

Python 브라우저에서 실행

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import tcga

c = pd.read_csv("tcga_clinical.tsv", sep="\t", dtype={"stage": str})
lu = c[c["type"] == "LUAD"]

plt.figure(figsize=(7.2, 4.2))
for ep, col in [("OS", "#3c3c3c"), ("DSS", "#4a7fa5"),
                ("PFI", "#c65b5b"), ("DFI", "#7a9a5b")]:
    t, s = tcga.km(lu[ep + "_time"], lu[ep])
    plt.step(t / 365.25, s, where="post", label=ep, color=col)
plt.xlabel("년")
plt.ylabel("사건이 아직 없을 확률")
plt.xlim(0, 10)
plt.ylim(0, 1)
plt.legend()
plt.title("같은 환자, 네 가지 종점")
plt.show()

고등학생DSS의 어려움

"이 암으로 죽었는가"를 판정해야 합니다. 그런데 어렵습니다.

어려운 경우	내용
치료 부작용으로 사망	암 때문인가
암 + 다른 병	—
사망 원인 기록이 부정확	—

판정이 주관적이라 OS보다 신뢰가 낮습니다 — 대신 신호가 더 선명할 수 있어요.

고등학생_time 열과 짝

각 종점에는 두 열이 있습니다.

열	내용
OS	사건이 일어났나 (0/1)
OS.time	그때까지의 시간

사건이 0이면 그 시간은 중도절단 시점입니다 — 17강의 개념이에요.

🤔 확인 문제

추적 기간이 짧은 암종에서 가장 예민한(사건이 빨리 쌓이는) 종점은?

🤔 확인 문제

DFI 가 있는 환자만 남겨 분석하면 무엇이 문제인가요?