Lesson 1 of 20
표 하나가 도착했다 — 12,591줄이 무엇인가
TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (Liu et al., Cell 2018)
2006년부터 2018년까지, 미국 국립암연구소는 암 환자 1만여 명의 종양을 떼어 내 유전체를 읽었습니다. 서른세 가지 암종에 걸쳐서요. 그 결과가 TCGA(The Cancer Genome Atlas) 입니다.
지금 이 자료는 누구나 내려받을 수 있습니다. 신청서도, 승인도 필요 없어요. 논문에서 "TCGA 자료를 분석하였다" 는 문장을 볼 때마다, 그 사람도 우리와 똑같은 파일을 내려받은 것입니다.
그러니 이 강의는 내려받는 법을 가르치지 않습니다. 그건 5분이면 되니까요. 대신 훨씬 오래 걸리고 훨씬 자주 틀리는 것을 다룹니다 — 내려받은 표의 한 칸이 정확히 무엇을 센 숫자인가.
열 이름부터 봅니다. 여기 없는 것은 이 표로 답할 수 없는 질문이에요.
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첫 네 줄.
sample 과 patient 가 따로 있다는 것에 눈길을 주세요.
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1,510줄의 차이가 있습니다. 이 차이가 어디서 왔는지가 2~4강의 내용입니다.
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암종마다 몇 명씩 모였는지 봅시다. TCGA 의 약자는 외우는 것이 아니라 찾아보는 것이에요. 아래 표가 그 찾아보는 표입니다.
유방암 1,236 표본, 담관암 45 표본. 같은 자료 안에서 27배 차이가 납니다.
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🤔 Check yourself
이 표는 12,591줄입니다. 환자는 몇 명일까요?
Answer 한 사람에게서 종양과 인접 정상 조직을 모두 떼면 두 줄이 됩니다.
patient 열의 고유값을 세면 11,081명이에요. 1,510줄의 차이가 여기서 옵니다.🤔 Check yourself
TCGA 자료를 처음 열었을 때 가장 먼저 확인해야 할 것은?
Answer 분모가 무엇인지 모르면 그 뒤의 모든 비율이 틀립니다. 이 강의는 20강 내내 분모가 무엇인가를 되묻습니다.