This lesson is only available in Korean for now.

Dr. Seok's Bioinformatics, First Steps

Don't believe the paper —
recompute it yourself

DDX54, the gene a 2025 PNAS paper names as the commander of immune evasion in lung cancer — you rerun that paper's central experiment from the public raw data, from scratch. Without looking at the authors' numbers, you do the normalisation, the statistics and the pathway analysis with your own hands.
Python runs right inside this page. There is nothing to install.

🐍 Python🧬 RNA-seq📊 pandas & numpy 📈 statistics & limma🌋 GSEA🇬🇧 English

Start lesson 1 →

How you'll learn

💡Understanding by analogy

RNA is a photocopy of the blueprint, CPM is how many solids there are per 100 mL of broth, GSEA is a team's average score. You get a picture of the meaning before you memorise the formula.

▶️With the real data

Not a stand-in dataset — the actual raw data from GEO (GSE285342), exactly as deposited. Every piece of code has a run button.

🔬Without peeking at the answer

You recompute from scratch without seeing the authors' fold changes or p-values, and reach the verdict yourself on whether the same conclusion comes out.

🛠️Learning by handling it

Every lesson has a laboratory widget — turn the filter thresholds, the shrinkage strength and the volcano-plot cut-offs yourself.

Full curriculum

생물정보학 첫걸음 — 세포를 숫자로 읽는다

우리가 다시 풀어 볼 사건: DDX54

원자료 내려받기 — GEO와 접근번호

논문의 결론이 아니라 논문의 재료를 받는다

표를 읽는 도구 — pandas 한 줄

24,419 × 7 짜리 표를 손에 쥐기

표 다듬기 — 같은 이름 합치고, 쓸 열만 고르기

groupby · 열 선택 · astype, 세 줄의 안전장치

행으로 더할까 열로 더할까 — numpy 의 축

sum(0) 과 sum(1), 한 글자가 뜻을 뒤집는다

정규화 ① — 그릇의 크기를 맞춘다 (CPM)

counts / lib * 1e6, 한 줄에 담긴 공정함

정규화 ② — 왜 log2 를 씌우나

1 = 두 배, 그리고 +1 의 정체

실험이 성공했나 — 녹다운부터 확인한다

하류 결과를 믿기 전에 반드시 하는 검사

잡음 걸러내기 — 저발현 유전자 필터

불리언 마스크 한 줄로 24,419 → 13,095

두 그룹 비교 ① — 차이와 흩어짐

log2FC 는 신호, 분산은 잡음

두 그룹 비교 ② — 반복이 적을 때의 함정

우연히 조용한 유전자가 1등이 되는 사고

limma 의 아이디어 — 분산을 빌려온다

digamma · polygamma · brentq 가 하는 일

moderated t 와 p값 — 함수 하나로 묶기

stats.t.sf, 양측검정, 그리고 def

차등발현 표 만들기 — 13,095개를 줄 세우기

DataFrame 조립과 sort_values(key=…)

핵심 유전자 확인 — 논문이 지목한 네 개

Cd47 · Cd38 · Myc, 그리고 '먹지 마' 신호

화산도 — 13,095개를 한 장에 담기

matplotlib 으로 크기와 확신을 동시에 보기

유전자 하나가 아니라 무리로 — Hallmark 세트

프로그램 단위로 보기, 그리고 마우스→인간 이름 맞추기

GSEA ① — 줄을 따라 걸으며 점수 매기기

cumsum 으로 만드는 러닝섬과 ES

GSEA ② — 우연히도 이만한 점수가 나올까

순열검정으로 만드는 귀무분포, 그리고 NES

독립재현 판정 — 우리가 직접 내리는 결론

체크리스트, 그리고 재현되지 않은 것까지 말하기