11강 / 20강

【실습】 Perturb-seq API — 껴 보고 무슨 일이 나는지 읽는다

http://192.168.219.45:8500 · 엔드포인트 여섯 · 유전자 11,526개

여기까지 쓴 자료는 전부 관찰입니다. 논문에 같이 나왔다, 환자 조직에서 양이 달랐다, 변이가 함께 발견됐다. 전부 “같이 움직인다” 이지 “이것이 저것을 움직인다” 가 아닙니다.

방향을 알려면 건드려 봐야 합니다. 유전자를 하나 끄고 아래에서 무슨 일이 나는지 읽는 것. 그것이 Perturb-seq 입니다.

고등학생껴 보고 무슨 일이 나는지 읽는다

Perturb-seq 자료를 API로 조회합니다. 유전자를 껐을 때 세포에서 무슨 일이 생기는지 이미 실험해 둔 자료예요.

자료	내용
세포	사람 1차 CD4+ T세포
겨냥한 유전자	11,526개
조건	Rest · Stim8hr · Stim48hr
엔드포인트	여섯 개

자세한 방법론은 /pseq, 표적 판정 실습은 /pdrug에 있습니다.

이 강의가 두드릴 API 는 사람 1차 CD4+ T세포의 유전체 규모 CRISPRi Perturb-seq 스크린입니다. 엔드포인트가 여섯 개고, pseq 꾸러미의 함수 여섯 개에 그대로 대응합니다.

고등학생무엇을 물어볼 수 있나

질문	얻는 값
이 유전자를 껐을 때 세포가 몇 개나 있었나	n_cells — 검정력
정말 눌렸나	ontarget_effect
몇 개 유전자가 흔들렸나	n_up · n_down
어느 기능 팀에 속하나	클러스터
질환과 연결되나	GWAS 농축

앞의 세 개가 한 세트입니다. 셋을 같이 봐야 결과를 읽을 수 있어요.

실제로 돌고 있는 서버입니다. 사설망 안에서는 requests.get 으로 바꾸기만 하면 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

print(pseq.live())
print()
print("떠 온 곳과 날짜:", pseq.source())
print()
s = pseq.stats()
print("유전자   :", s["total_genes"])
print("클러스터 :", s["total_clusters"])
print("조건     :", s["conditions"])
print("질환     :", len(s["diseases_tested"]), "종")

세포는 천 개씩 있고 녹다운도 −21.4 로 확실합니다. 그런데 흔들린 유전자가 열한 개예요. 15강에서 이 숫자 하나를 놓고 한 강을 씁니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

# 첫 요청. GET /api/perturb/TNIK 과 같습니다.
r = pseq.perturb("TNIK")

print("표적:", r["gene"])
print()
print("조건       세포수   녹다운   흔들린 유전자")
for c in ["Rest", "Stim8hr", "Stim48hr"]:
    d = r["conditions"][c]
    print("%-10s %6d %8.1f %10d"
          % (c, d["n_cells"], d["ontarget_effect"], d["n_total_de"]))
print()
print("세 조건 합계:", r["summary"]["total_de_genes"], "개")

고등학생왜 T세포 자료로 폐섬유증 표적을 보나

이상해 보입니다. IPF는 폐의 병인데 T세포 자료를 왜 볼까요?

얻을 수 있는 것	얻을 수 없는 것
이 유전자가 세포에서 실제로 뭔가 하나	폐 섬유아세포에서의 역할
필수 유전자인가	섬유화 관련성
면역세포 안전성	IPF 치료 효과

"이 세포에서 안전한가"는 어떤 약에게나 유용한 정보입니다.

그리고 15강에서 보게 되듯, 이 자료가 주는 답은 예상 밖입니다.

PDGFRA · IL6 · NOX4 가 없습니다. 이 스크린에 없다는 뜻이고, 왜 없는지는 16강에서 밝혀집니다.

Python 브라우저에서 실행

import pseq

for g in ["TNIK", "PDGFRA", "IL6", "NOX4"]:
    r = pseq.perturb(g)
    if "error" in r:                       # 상태 코드가 아니라 이 열쇠로 가른다
        print("%-8s 스크린에 없음  (비슷한 이름: %s)"
              % (g, ", ".join(r["suggestions"][:3]) or "없음"))
    else:
        print("%-8s 있음 · 세 조건 합 DE %d" % (g, r["summary"]["total_de_genes"]))
print()
print("이 강의가 떠 온 143개 중 스크린에 없는 유전자:", len(pseq.missing()), "개")

고등학생API를 쓸 때의 예의와 요령

해야 할 것	왜
결과를 저장해 두기	같은 것을 두 번 안 물어봄
일괄 엔드포인트 쓰기	여러 유전자를 한 번에
요청 사이에 쉬기	서버 부담
실패를 기록하기	404를 조용히 건너뛰지 않기

마지막 줄이 중요합니다 — 실패한 요청이 사라지면 "결과가 없다"로 오해합니다.

🤔 확인 문제

Perturb-seq 자료가 Open Targets 나 PubMed 와 근본적으로 다른 점은?

🤔 확인 문제

이 API 에서 없는 유전자를 판정할 때 status_code 를 보면 안 되는 이유는?