Lesson 14 of 20

【실습】 잡을 홈이 있는가 — 여기서 1등이 탈락한다

Open Targets tractability · 저분자 여덟 칸

표적이 병을 일으킨다는 것과 그 표적을 막을 수 있다는 것은 다른 문제입니다.

저분자 약은 단백질 표면의 주머니에 끼워 넣는 쐐기입니다. 주머니가 없으면 끼울 데가 없어요. Open Targets 는 이것을 tractability 라는 칸으로 정리해 둡니다.

High school잡을 홈이 있는가

생물학적으로 좋은 표적이라도 약으로 만들 수 없으면 소용없습니다. Open Targets는 이것을 tractability(약물화 가능성)로 정리해요.

저분자 tractability 칸	뜻
허가된 약이 있음	확실히 가능
임상 후보가 있음	가능성 높음
화합물이 알려짐	출발점 있음
구조가 풀렸음	설계 가능
예측상 druggable	계산 예측

여덟 칸이 있고, 채워진 칸이 많을수록 약으로 만들기 쉽습니다.

허가된 약은 없고(당연하죠, 새 표적이니까), 주머니·리간드·구조·집안 네 칸이 전부 켜져 있습니다.

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import ot

ko = {
 "Approved Drug": "이 표적에 허가된 약이 있다",
 "Advanced Clinical": "후기 임상 중인 약이 있다",
 "Phase 1 Clinical": "1상 중인 약이 있다",
 "Structure with Ligand": "리간드가 붙은 **구조**가 풀려 있다",
 "High-Quality Ligand": "질 좋은 리간드가 알려져 있다",
 "High-Quality Pocket": "질 좋은 **주머니**가 예측된다",
 "Med-Quality Pocket": "보통 품질의 주머니",
 "Druggable Family": "약을 만들어 본 **집안**에 속한다",
}
t = ot.tractability("TNIK", "SM")
print("TNIK · 저분자(SM) 약물성")
for k, v in t.items():
    print("  [%s] %-24s %s" % ("O" if v else " ", k, ko.get(k, "")))

High school여기서 1등이 탈락한다

Open Targets 순위 1등이 이 체에서 떨어질 수 있습니다. 생물학적 근거와 약물화 가능성은 별개이기 때문이에요.

표적 유형	근거	약물화
전사인자	강할 수 있음	어려움 — 홈이 없음
구조 단백질	강할 수 있음	거의 불가
키나아제	—	쉬움 — ATP 홈
세포 표면 수용체	—	쉬움 — 항체도 가능

TNIK은 키나아제입니다 — 이 체에서 강점을 갖습니다.

이제 5강의 상위 표적들과 비교해 봅시다. 1등이 반드시 약이 되기 쉬운 것은 아닙니다.

MUC5B 는 점액 단백질이라 주머니가 없습니다. SFTPA2 도요. 유전학 1등이 화학에서는 0점일 수 있습니다.

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import ot

keys = ["High-Quality Pocket", "High-Quality Ligand",
        "Structure with Ligand", "Druggable Family"]
genes = ["PARN", "RTEL1", "SFTPA2", "TERT", "MUC5B", "DSP",
         "FGFR2", "PDGFRB", "TNIK"]
print("유전자     주머니 리간드 구조 집안   합")
for g in genes:
    t = ot.tractability(g, "SM")
    if "error" in t:
        print("%-10s 자료 없음" % g)
        continue
    vals = [t.get(k, False) for k in keys]
    print("%-10s %s   %d"
          % (g, "  ".join("  O" if v else "  -" for v in vals), sum(vals)))

High school키나아제라는 것의 두 얼굴

장점	단점
ATP 결합자리가 깊고 뚜렷	500종이 다 비슷하게 생김
약 만들기 경험이 풍부	선택성 확보가 어려움
구조 정보가 많음	내성 변이가 잘 생김
경구 투여가 가능	—

13강에서 본 형제 아홉 문제가 여기 두 번째 줄입니다. 그래도 만들 수 있다는 것이 중요해요 — 못 만드는 표적보다 훨씬 낫습니다.

High school체의 순서가 중요하다

약물화를 먼저 보면	나중에 보면
흥미로운 표적을 미리 버림	못 만들 표적에 시간을 씀
기존 표적만 남음	—

생물학적 근거를 확인한 직후가 적절한 시점입니다.

그리고 이 기준은 절대적이지 않습니다. 분해제(PROTAC), 올리고 같은 새 형태가 나오면서 "못 만들던 것"의 범위가 계속 줄고 있어요.

🤔 Check yourself

TNIK 이 “표적으로는 새롭고 화학적으로는 익숙하다” 는 말의 근거는?

🤔 Check yourself

사람 유전학 1등인 PARN·RTEL1·TERT 가 약으로 잘 이어지지 않는 이유는?