1강 / 20강

이름 안에 “모른다” 가 들어 있다

특발성 폐섬유증 · Open Targets EFO_0000768 · 연관 표적 4,591개

특발성 폐섬유증(idiopathic pulmonary fibrosis, IPF). 세 낱말 중 첫 낱말이 특발성입니다. 한자로는 “스스로 발생한”, 뜻으로는 원인을 모른다입니다.

Open Targets 가 이 병을 이렇게 적어 두었습니다.

Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a nonneoplastic pulmonary disease that is characterized by the formation of scar tissue within the lungs in the absence of any known cause.

폐 안에 흉터가 생깁니다. 흉터는 늘어나지 않습니다. 늘어나지 않는 폐는 숨을 덜 담습니다. 그래서 이 병의 성적표는 폐가 담는 공기의 양으로 잽니다 — FVC(노력성 폐활량, forced vital capacity)입니다. 밀리리터로 나오고, 이 강의 끝까지 계속 나옵니다.

고등학생이름 안에 '모른다'가 들어 있다

특발성 폐섬유증 — 영어로 Idiopathic Pulmonary Fibrosis, 줄여서 IPF입니다. 첫 단어 idiopathic이 "원인 불명"이라는 뜻이에요.

병 이름에 "왜 그런지 모른다"가 들어 있는 셈입니다.

알려진 것	모르는 것
폐가 딱딱하게 굳어 간다	왜 시작되는가
진단 후 중앙생존 3~5년	어떻게 멈추는가
고령·흡연·유전 위험인자	어느 세포가 주범인가

먼저 자료를 열어 봅시다. ot 는 Open Targets Platform 의 GraphQL API 를 파이썬에서 두드리는 꾸러미입니다. 진짜 주소는 https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql 이고, 열쇠도 회원가입도 필요 없습니다.

고등학생섬유화가 무엇인가

상처가 나면 흉터가 생깁니다. 콜라겐이 쌓여 딱딱해지는 거예요. 정상적인 치유 과정입니다.

섬유증은 그 과정이 멈추지 않는 것입니다. 폐에서 계속 흉터가 생기면 폐포가 두꺼워지고, 산소가 혈액으로 못 넘어가요.

	정상 치유	섬유증
손상	있음	있음 (반복적)
콜라겐 축적	일시적	계속
멈춤	있음	없음
결과	흉터가 남고 회복	기능 상실

브레이크가 고장 난 치유 반응 — 그 브레이크를 찾는 것이 표적 발굴입니다.

표적이 4,591개입니다. 하나를 골라야 합니다. 이 강의는 그 고르는 일에 관한 것입니다.

Python 브라우저에서 실행

import ot

d = ot.disease()
print("질환 코드 :", d["id"])
print("이름      :", d["name"])
print("연관 표적 :", d["count"], "개")
print()
print(d["description"])

고등학생표적이 4,591개

Open Targets에서 IPF(EFO_0000768)를 조회하면 연관 표적이 4,591개 나옵니다.

관찰	뜻
4,591개	사람 유전자의 5분의 1이 넘음
"연관"의 문턱이 낮음	논문에 함께 언급되기만 해도 들어옴
다 표적일 수 없음	줄을 세워야 함

후보가 많다는 것은 아는 것이 많다가 아니라 고르기 어렵다는 뜻입니다.

이 20강이 지나가는 길

📚

1~7강

근거를 모아 순위를 매깁니다. 그리고 그 순위가 이미 오염되어 있음을 봅니다

🔍

8~10강

PubMed 로 새로움을 셉니다. 손잡이 하나가 1등을 바꿉니다

🧬

11~17강

Perturb-seq API 로 인과를 확인합니다. 그리고 침묵을 읽습니다

💊

18~20강

이름이 분자가 되고 사람에게 들어갑니다. 71명이 낸 숫자를 읽습니다

고등학생이 강의가 20강 동안 하는 일

이 강의는 하나의 이야기를 따라갑니다 — TNIK이라는 표적이 어떻게 발견되고 약이 되었나.

강	다루는 것
2–6	기존 약 · 순위 매기기 · 순위의 오염
7–10	TNIK은 어느 목록에도 없다
11–12	상관에서 인과로 — 껴 본다
13–17	TNIK을 껐더니 아무 일도 없었다 · 그 뜻
18–20	임상시험 결과 · 말할 수 있는 것

15강의 제목이 이 강의의 성격을 말해 줍니다 — "TNIK을 껐다. 아무 일도 없었다."

🤔 확인 문제

“특발성”(idiopathic) 이라는 말이 표적 발굴에서 실질적으로 뜻하는 것은?

🤔 확인 문제

이 병의 성적을 FVC(밀리리터)로 재는 이유는?