9강 / 20강

【실습】 손잡이 하나 — 확신과 새로움을 곱한다

같은 자료 · 같은 계산 · 손잡이 하나로 갈리는 1등

축이 둘 생겼습니다.

확신 (5강)

Open Targets 근거 점수
높을수록 맞을 가능성이 크다

새로움 (8강)

1 / (1 + IPF 논문 수)
높을수록 아무도 안 했다

둘은 대체로 반대 방향입니다. 근거가 쌓이려면 논문이 필요하고, 논문이 쌓이면 새롭지 않으니까요. 그래서 하나를 고르는 대신 가중치 하나로 섞습니다.

고등학생손잡이 하나

확신(근거 점수)과 새로움(논문이 적음)을 어떻게 합칠까요? 가장 단순한 방법은 곱하는 것입니다.

점수 = 확신^α × 새로움^(1−α)

α	무엇을 중시	1등이 되는 것
1.0	확신만	근거가 가장 많은 표적
0.5	균형	둘 다 어느 정도
0.0	새로움만	논문 0편인 표적

α가 손잡이입니다. 돌리면 순위가 통째로 바뀌어요.

가중치 0.5 부터 TNIK 이 위로 올라옵니다. 자료는 하나도 안 바뀌었어요. 바뀐 것은 무엇을 원하는지뿐입니다.

Python 브라우저에서 실행

import ot, lit

def score(gene, w):
    # w = 0 이면 확신만, w = 1 이면 새로움만.
    conf = ot.score(gene)
    if conf is None:
        conf = 0.0                       # 목록에 없으면 확신 0
    n = lit.count(gene, "ipf_before")
    nov = 1.0 / (1.0 + (n if n is not None else 0))
    return (1 - w) * conf + w * nov

genes = ["PARN", "RTEL1", "TERT", "MUC5B", "FGFR2", "PDGFRB",
         "TGFB1", "SMAD3", "CTNNB1", "TNIK", "MAP4K4", "MINK1"]

for w in [0.0, 0.3, 0.5, 0.7, 1.0]:
    rank = sorted(genes, key=lambda g: -score(g, w))
    print("새로움 가중치 %.1f  ->  %s" % (w, "  ".join(rank[:5])))

고등학생같은 자료, 다른 1등

손잡이 위치	1등의 성격	위험
확신 쪽	이미 잘 알려진 표적	남이 이미 하고 있음
가운데	근거가 어느 정도 있고 덜 알려진	—
새로움 쪽	아무도 안 본 표적	근거가 없어서일 수도

같은 자료와 같은 계산인데 손잡이 하나로 1등이 갈립니다.

이것이 순위표를 볼 때 반드시 알아야 할 것입니다. 순위는 자료가 만든 것이 아니라 자료 + 가중치가 만든 것이에요.

덧셈은 TNIK 을 올리지만 곱셈은 못 올립니다. 확신이 0 이면 곱은 무조건 0 이에요.

Python 브라우저에서 실행

import ot, lit
import pandas as pd

rows = []
for g in lit.genes():
    conf = ot.score(g)
    n = lit.count(g, "ipf_before")
    if n is None:
        continue
    rows.append({"gene": g,
                 "확신": 0.0 if conf is None else conf,
                 "논문": n,
                 "새로움": 1.0 / (1.0 + n)})
df = pd.DataFrame(rows)
df["곱"] = df["확신"] * df["새로움"]

print("확신만 (내림차순) 상위 8")
print(df.nlargest(8, "확신")[["gene", "확신", "논문"]].to_string(index=False))
print()
print("확신 x 새로움 상위 8")
print(df.nlargest(8, "곱")[["gene", "확신", "논문", "곱"]].to_string(index=False))
print()
print("TNIK 은 곱에서도 0 입니다 — 확신이 0 이라 무엇을 곱해도 0 이니까요.")
print("이것이 다음 강의 출발점입니다.")

고등학생손잡이를 명시하는 것이 정직함

가중치를 숨기면	가중치를 밝히면
객관적인 척하게 됨	내 판단이 드러남
남이 검증 못 함	남이 다시 계산 가능
다른 목적에 못 씀	목적에 맞게 조정 가능

"가중치는 이렇게 정했습니다"라고 적는 순간, 그 순위표는 쓸 수 있는 도구가 됩니다.

고등학생그런데 문제가 하나 남는다

새로움 쪽으로 손잡이를 돌리면 논문 0편인 유전자들이 상위에 옵니다. 그런데 그런 유전자가 68개나 됩니다.

물음	답
68개 중 어느 것을 고를까	새로움만으로는 못 정함
근거를 더 찾을 수 있나	다른 자료원으로 — 10강

10강에서 그 길로 가 봅니다 — 그리고 그 길도 막혀 있습니다.

🤔 확인 문제

확신 × 새로움(곱셈)으로 점수를 매기면 TNIK 이 절대 올라오지 못하는 이유는?

🤔 확인 문제

“자료가 TNIK 을 골랐다” 는 말이 절반만 맞는 이유는?