환자를 봐도 안 나온다 — 발현 자료의 사각지대

9강이 남긴 문제는 이겁니다. 논문 0편인 유전자가 68개인데, 문헌 자료로는 그 68개 사이에 순서를 매길 수 없습니다. 전부 0 이니까요.

그러면 문헌이 아닌 자료를 봐야 합니다. 가장 곧바른 것은 환자의 폐에서 실제로 무슨 일이 일어나고 있는가 입니다 — IPF 환자 폐조직과 정상 폐조직의 발현을 나란히 놓는 것이죠.

그 계산은 이미 되어 있습니다. 같은 저장소의 /geo 강의가 NCBI GEO 의 공개 시리즈 넷을 직접 내려받아 합쳤습니다. 그 결과를 그대로 가져와 봅시다.

같은 문제가 한 겹 더 있습니다. 발현 자료에서 가장 크게 변한 유전자를 고르는 것 자체가 위험합니다.

위 목록의 1등급을 보세요 — 콜라겐과 섬유아세포 표지입니다. 그것은 흉터 그 자체예요. 흉터를 만들라고 명령한 유전자가 아닙니다. 그리고 명령한 쪽은 대개 조금만 변합니다.