2강 / 20강

값과 이름표 — 변수·숫자·참거짓

TMB = 돌연변이 수 ÷ 38 을 적을 수 있게

컴퓨터에게 3055 라고만 말하면, 그것이 무엇인지 모릅니다. 이름표를 붙여야 해요.

이름 = 값

이것이 파이썬의 거의 전부입니다. 등호는 "같다" 가 아니라 "오른쪽 값에 왼쪽 이름표를 붙여라" 라는 뜻이에요.

종류	보기	이 논문에서
정수 (int)	`3055`	표본 수 · 세포 수 · 유전자 수
실수 (float)	`0.05`	p 값 · log2 배수 · 발현량
문자열 (str)	`"DDX54"`	유전자 이름 · 표본 번호
참거짓 (bool)	`True`	이 표본을 쓸까 말까

고등학생등호는 '같다' 가 아닙니다

여기가 프로그래밍을 처음 배울 때 가장 크게 걸려 넘어지는 곳입니다. 확실히 짚고 갑시다.

	수학의 `=`	파이썬의 `=`
뜻	양쪽이 같다	오른쪽 값에 왼쪽 이름표를 붙여라
방향	없다 (대칭)	오른쪽 → 왼쪽
`x = x + 1`	말이 안 된다	"x 에 1 더한 값을 다시 x 라고 부르자" — 정상

비유 — 택배 상자와 이름 스티커

창고에 상자가 잔뜩 있습니다. 상자마다 안에 뭔가 들어 있어요. 그런데 상자가 다 똑같이 생겨서 못 찾습니다.

그래서 이름 스티커를 붙입니다 — "이건 표본수", "이건 p값".

이름 = 값 은 스티커를 붙이는 동작이다

그리고 스티커는 떼서 다른 상자에 옮겨 붙일 수 있습니다. 그게 표본 = 9707 이에요. 1강의 세 번째 줄이 그거였죠.

그래서 헷갈리는 문장

남은표본 = 남은표본 - 1363

수학이면 0 = -1363 이 되어 말이 안 됩니다. 그런데 파이썬은 —

오른쪽 먼저 계산한다 (남은표본에서 1363 을 뺀 값)
그 결과에 '남은표본' 스티커를 다시 붙인다

순서가 오른쪽 → 왼쪽 이라는 것만 기억하면 됩니다.

등호를 보면 화살표 ← 라고 읽어라

논문 SI 「TMB calculation」 의 식을 그대로 옮긴 것입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 논문의 TMB 계산을 그대로
돌연변이수 = 512          # 어떤 표본의 엑손 영역 돌연변이 수
엑솜크기   = 38           # 메가베이스 (논문이 인용한 값)

tmb = 돌연변이수 / 엑솜크기
print("TMB =", tmb)
print("TMB =", round(tmb, 2), "개/Mb")

# FDA 는 10개/Mb 이상을 TMB-High 로 본다
높은가 = tmb >= 10
print("TMB-High 인가?", 높은가)
print("자료형:", type(돌연변이수), type(tmb), type(높은가))

고등학생자료형 네 가지 — 서랍이 다릅니다

값에는 종류가 있습니다. 이것을 자료형이라고 해요.

이름	보기	무엇	이 논문에서
`int` 정수	3055	소수점 없는 수	표본 수 · 세포 수
`float` 실수	0.05	소수점 있는 수	p 값 · log2 배수
`str` 문자열	"DDX54"	글자. 따옴표로 감싼다	유전자 이름
`bool` 참거짓	True	참 또는 거짓 둘뿐	이 표본을 쓸까 말까

왜 구별해야 하나

할 수 있는 일이 다르기 때문입니다.

계산	결과
`3 + 5`	8 — 더하기
`"3" + "5"`	"35" — 글자를 이어 붙이기
`3 + "5"`	오류 — 숫자와 글자는 못 더한다

겉모습이 같아 보여도 3 과 "3" 은 다른 것이다

세 번째 줄의 오류를 TypeError 라고 합니다. 18강에서 다시 만날 텐데, 초보자 오류의 절반이 이겁니다.

언제 생기나 — 파일에서 읽을 때

파일에서 숫자를 읽으면 글자로 옵니다. "3055" 처럼요. 그대로 더하면 이어 붙어 버립니다.

그래서 int("3055") 로 바꿔 줘야 합니다. 9강에서 파일을 읽을 때 이 작업이 계속 나옵니다.

확인하는 법

type(값) 을 찍어 보면 자료형을 알려 줍니다. 이상할 때 가장 먼저 해 볼 일이에요 — 18강의 '찍어 본다' 가 이겁니다.

고등학생나누기가 두 개인 이유

파이썬에는 나누기 기호가 둘 있습니다. 헷갈리기 쉬우니 정리합시다.

기호	이름	`7 ÷ 2`	결과 자료형
`/`	실수 나누기	3.5	float
`//`	몫만	3	int
`%`	나머지	1	int

비유 — 피자 7조각을 2명이

/ — 잘라서 나눈다 → 3.5조각씩
// — 온전한 것만 나눈다 → 3조각씩 (1조각 남음)
% — 남은 것 → 1조각

TMB 에는 어느 것을 쓰나

TMB = 돌연변이 수 / 38 — 소수가 나와야 한다

// 를 쓰면 512 // 38 = 13 이 됩니다. 소수점이 날아가서 13.47 이 13 이 돼요. FDA 문턱이 10 이니 판정은 같지만, 값이 조용히 틀립니다.

오류가 안 나면서 값만 틀리는 것이 가장 무서운 버그다

오류가 나면 바로 알아채고 고칩니다. 그런데 그럴듯한 답이 나오면 틀린 줄도 모르고 논문에 싣게 돼요.

%(나머지)는 언제 쓰나

의외로 자주 씁니다. "3의 배수인가?" 를 물을 때요.

길이 % 3 == 0 — 3으로 나눈 나머지가 0이면 3의 배수입니다. DNA 를 다룰 때 코돈(세 글자) 이 맞는지 확인하는 데 그대로 쓰입니다.

R 을 쓰던 분에게

R 에서는 / 하나뿐이고 정수끼리 나눠도 실수가 나옵니다. 파이썬도 같습니다 — / 는 늘 실수를 줍니다. (파이썬 2 에서는 달랐는데, 지금은 신경 안 써도 됩니다.)

이름을 한글로 써도 됩니다. 다만 남과 나눌 코드에는 영문이 안전합니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이름표는 언제든 갈아 붙일 수 있다
남은표본 = 11070
print("시작        ", 남은표본)

남은표본 = 9707
print("원발암만    ", 남은표본)

# 한 번에 여러 개
낮은문턱, 높은문턱 = 0.05, 0.3
print("p 문턱", 낮은문턱, "· log2FC 문턱", 높은문턱)

# 이름은 한글도 된다 (이 강의에서는 읽기 쉬우라고 한글을 씁니다)
# 실무에서는 영문을 더 많이 씁니다 — n_samples, p_cutoff 처럼
n_samples = 3055
print("n_samples =", n_samples)

고등학생이름을 잘 짓는 것이 실력입니다

위 코드가 재미있는 걸 보여 줍니다. 한글로 이름을 지어도 됩니다.

남은표본 = 11070 — 정상 작동합니다

그런데 실무에서는 영문을 씁니다

	이유
한글	읽기 쉽다 — 이 강의가 한글을 쓰는 이유
영문	남과 나눌 때 안전하다. 글자 깨짐 사고가 없다. 국제 협업이 기본이다

배울 때는 한글이 낫고, 남에게 줄 코드는 영문이 낫습니다. 이 강의가 한글을 쓰는 건 일부러예요 — 코드를 읽는 부담을 줄이려는 겁니다.

이름 짓기가 왜 중요한가

초보자는 a, b, x1 같은 이름을 씁니다. 짧아서 편하니까요. 그런데 일주일 뒤에 자기 코드를 못 읽습니다.

나쁜 이름	좋은 이름
`a = 512 / 38`	`tmb = 돌연변이수 / 엑솜Mb`
`x = d[d.p < 0.05]`	`유의한유전자 = 표[표.p < 0.05]`

코드는 컴퓨터가 아니라 사람이 읽는다

컴퓨터는 a 든 tmb 든 똑같이 잘 돕니다. 이름은 미래의 나와 같이 일할 사람을 위한 것이에요.

이름 짓는 규칙 셋

무엇인지를 적는다 — n 보다 표본수
단위가 있으면 적는다 — 시간 보다 시간_분
숫자로 시작할 수 없고, 띄어쓰기를 못 쓴다 — 2조건(✘), 남은 표본(✘)

마지막 줄 때문에 n_samples 처럼 밑줄을 씁니다. 파이썬의 관례예요.

🤔 확인 문제

tmb = 512 / 38 의 결과 자료형은 무엇일까요?

해설 파이썬에서 / 는 언제나 실수를 냅니다. 정수끼리 나눠도요. 몫만 필요하면 // 를 씁니다.