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Dr. Seonggu Sohn's Python, First Steps

Make the paper's numbers
with your own hands

The 11,070 to 3,055 in the paper, and the 961 genes — someone made those with code.
These 20 lessons cover just enough Python to read and write that code, starting from variables and ending by producing those very numbers.

🐍 No install📊 pandas🌋 Volcano 🧪 Reproduce DDX54🇬🇧 English

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How you'll learn

📦Nothing to install

Python runs inside your browser. Press ▶ and it executes right there — edit the code and press it again.

🧬Every example is biology

Sequences, expression values and p-values instead of shopping carts and grade books. What you learn is what you will use.

🎛️Move the cut-offs yourself

Grab the sliders and shake 0.3 and 0.05. You watch the number of surviving genes change.

📄Reproduce the paper at the end

In lesson 19 you re-apply the paper's four selection steps in code, narrowing 11,070 down to 3,055.

Full curriculum

왜 파이썬인가 — 논문의 숫자를 내 손으로

이 20강이 끝나면 논문 SI 의 11,070 → 3,055 를 직접 만든다

값과 이름표 — 변수·숫자·참거짓

TMB = 돌연변이 수 ÷ 38 을 적을 수 있게

문자열 — 서열은 글자의 줄이다

논문 Table S1·S3 의 siRNA·guide 서열을 다뤄 본다

리스트 — 유전자 목록을 담는다

논문 SI 「40 genes related to the antigen-presenting pathway」

딕셔너리 — 유전자에서 값을 찾는다

이름으로 찾기 · 목록에서 표로

조건 — p < 0.05 를 코드로 적는다

논문 SI 「absolute log2 fold change > 0.3 with P-value < 0.05」

함수 — 되풀이를 이름으로 묶는다

같은 계산을 세 번 쓰기 전에

FASTA 를 읽는다 — 가장 오래된 생물학 파일

> 로 시작하는 줄이 이름, 나머지가 서열

표를 읽는다 — CSV 와 TSV

발현량 표는 결국 쉼표(또는 탭)로 나뉜 글자입니다

numpy — 숫자 덩어리를 한꺼번에

2만 개 유전자에 반복문을 쓰지 않는 법

pandas — 이름이 붙은 표

R 의 data.frame 에 해당하는 것

표를 잇는다 — merge 와 groupby

발현량 표 + 표본 정보 표 = 분석할 수 있는 표

matplotlib — 숫자를 그림으로

논문 그림은 결국 몇 줄의 코드입니다

왜 log2 를 씌우나 — 발현량의 눈금

논문의 「log2 fold change」 가 로그인 이유

scipy — t-검정을 한 줄로

논문 SI 「Wilcoxon rank-sum test or t-test were used」

볼케이노 플롯 — 차등발현을 한 장에

가로는 log2FC, 세로는 −log10(p)

히트맵 — 논문 Fig. 3 의 pheatmap 을 파이썬으로

SI 「we employed the pheatmap package in R to produce heatmaps」

막혔을 때 — 오류를 읽는 법

오류 메시지는 꾸중이 아니라 안내입니다

【실습】 논문의 11,070 → 3,055 를 만든다

SI 「Sample selection from TCGA data」 · Fig. S1

정리 — 여기서 어디로

R 도구에 대응하는 파이썬 · 다음 과목