권교수의 사이토카인과 신호전달 첫걸음

'사이토카인이 켠다' 로
지나간 자리

면역학 과목마다 같은 문장이 나옵니다 — IFN-γ 가 DC 를 성숙시킨다, IL-12 가 Th1 으로 민다, TGF-β 가 IgA 로 전환시킨다. 전부 같은 것을 가리키는데, 어느 과목도 그것이 무엇인지 말하지 않았어요.
이 20강이 그 자리입니다. 그리고 쉽지 않다는 것부터 배웁니다 — 종양 만 개에서 사이토카인 축은 하나도 갈리지 않습니다. 교과서가 대립한다고 가르친 축들이 전부 같이 움직여요.
왜 그런지, 그리고 어떤 자료를 가져와야 답이 나오는지를 11강에서 13강까지 세 강에 걸쳐 따라갑니다.

📡 사이토카인🔗 JAK-STAT🛑 SOCS 되먹임 🌀 사이토카인 폭풍🐍 Python🔬 TCGA·GSE268555🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🧮대조를 늘 함께 본다

IFNG 와 STAT1 의 상관 0.61 은 ACTB 와의 0.20 옆에 놓아야 뜻이 생깁니다. 이 강의는 상관을 낼 때마다 대조를 함께 찍습니다 — 바닥이 0 이 아니기 때문이에요.

💥무너지는 것을 보여 준다

11강에서 사이토카인 축이 하나도 갈리지 않습니다. 음의 상관이 단 하나도 없어요. 그것을 감추지 않고 그대로 보여 준 뒤, 왜 그런지 두 강에 걸쳐 풉니다.

🔬자료를 바꿔 다시 묻는다

12강에서 벌크로는 원리적으로 안 된다는 것을 확인하고, 13강에서 단일세포로 같은 질문을 다시 묻습니다. 정보가 없는 것은 방법으로 못 만듭니다.

📏문턱을 먼저 정한다

19강에서 사이토카인 지도를 그리기 전에 문턱 두 개를 먼저 적고 시작합니다. 결과를 보고 기준을 고르면 무엇이든 그릴 수 있으니까요.

전체 커리큘럼

사이토카인 — 세포가 서로에게 보내는 말

면역학의 다른 모든 과목이 '사이토카인이 켠다' 고 말하고 지나간 자리

아주 조금, 아주 가까이 — 사이토카인이 닿는 거리

피코몰 농도로 일한다 · 그리고 대개 몇 십 마이크로미터를 못 넘는다

【실습】 종양 10,071개와 세포 37,585개를 연다

TCGA 범암 32종 · GSE268555 마우스 종양 면역세포

【실습】 누가 뿜나 — 평균이 지우는 것

Il12b 는 세포 0.08%만 만든다 · 그 세포에서는 평균의 1,296배

하나가 여럿에게, 여럿이 하나를

다면성 · 중복성 · 협동 · 길항 — 사이토카인을 하나씩 못 보는 이유

수용체 — 부품을 나눠 쓴다

γc 사슬 하나에 여섯 사이토카인 · gp130 하나에 열 남짓

JAK-STAT — 가장 짧은 신호 경로

막에서 핵까지 단백질 두 종류 · 중간 단계가 없다

【실습】 사슬이 정말 이어져 있나

IFNG–수용체 0.21 · IFNG–STAT1 0.61 — 가운데가 왜 약한가

끄는 장치 — 켤 때 이미 끌 준비를 한다

SOCS · CIS · USP18 — 신호가 자기를 끄는 것을 함께 켠다

【실습】 브레이크가 액셀을 따라가는가

STAT2–USP18 0.578 · STAT3–SOCS3 0.423 · STAT1–SOCS1 0.288

【실습】 축이 갈리지 않는다 — 이 강의에서 가장 중요한 강

축 안쪽 상관 0.322 · 축 사이 0.221 · 그리고 모든 축 쌍이 양의 상관

벌크가 못 하는 일 — 섞인 것을 못 푼다

한 줄에 여러 세포가 섞여 있다 · 그래서 '양' 과 '상태' 가 엉킨다

【실습】 단일세포로 같은 질문을 다시 묻는다

곱해지기 전의 값을 본다 · 그러면 축이 갈리나

같은 사이토카인, 다른 결과 — 맥락이 뜻을 정한다

TGF-β 는 Treg 도 Th17 도 만든다 · IL-6 하나가 갈림길을 정한다

사이토카인 폭풍 — 되먹임이 풀렸을 때

양의 되먹임이 음의 되먹임을 이기는 순간 · 그리고 왜 되돌리기 어려운가

사이토카인을 약으로 준다 — IL-2 의 좁은 창

같은 분자가 낮은 농도에서는 면역을 끄고 높은 농도에서는 켠다

사이토카인을 막는 약 — 이쪽은 크게 성공했다

주는 것보다 막는 것이 훨씬 잘 됐다 · 그 이유가 있다

【실습】 치료가 사이토카인 판을 바꾸나

병용 치료에서 Ifng 4배 · Cxcl9 2배 · Il1b 절반 — 마우스가 넷이라는 것을 안고

【실습】 종양 하나의 사이토카인 지도를 그린다

누가 무엇을 뿜고 누가 그것을 듣는가 — 20강 분량을 한 그림으로

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

20강에서 계산한 값과, 그 값이 닿지 못하는 곳