11강 / 20강

【실습】 가장 강한 교란 — TADA2B에서 CTLA4까지

Zhu, Dann et al. (2026) SI Table S1 — top hits by n_total_de_genes

11,526개 유전자를 하나씩 끈 결과가 나왔습니다. 이제 줄을 세워 봅시다 — 어떤 유전자를 끌 때 가장 많은 유전자가 따라 바뀌었나요?

고등학생가장 강한 교란들

차등 발현 유전자 수(n_total_de_genes)로 줄을 세우면 상위에 어떤 유전자가 올까요.

상위에 오는 유형	왜
전사·크로마틴 조절자	수천 개 유전자를 직접 조절
핵심 신호 전달자	경로 전체가 멈춤
필수 대사·번역 유전자	세포 전체가 흔들림
세포 상태 결정자	세포가 다른 상태로 바뀜

TADA2B 같은 크로마틴 조절자가 상위에 오는 것이 그 예입니다. 스위치 하나가 아니라 배전반을 건드리는 셈이에요.

순위	유전자	DE 유전자 수 (Stim 8hr)	역할
1	TADA2B	5,920	SAGA 히스톤 아세틸전달효소
2	CD3E	5,711	TCR 복합체 (T세포 수용체)
3	LAT	5,536	TCR 신호전달 어댑터
4	SENP5	5,172	SUMO 단백질분해효소
5	PLCG1	5,033	TCR 신호전달

고등학생큰 것이 좋은 표적인가

아닙니다. 오히려 반대일 때가 많아요.

파장이 크면	약으로서는
많은 것이 무너짐	부작용이 넓음
세포가 죽을 수도	독성
기전이 복잡	무엇 때문에 나았는지 모름

좋은 표적은 정확한 곳을 흔드는 것이지 많이 흔드는 것이 아닙니다.

18강에서 이 이야기를 이어갑니다. 파장의 크기보다 무엇이 흔들렸나가 중요해요.

반대쪽 — 가장 적게 바뀌는 교란 — 도 중요합니다.

유전자	DE 유전자 수 (Stim 8hr)	특기 사항
CTLA4	1	이필리무맙 (항암제) 표적
FOXP3	4	조절 T세포의 핵심 전사인자
SOCS1	5	JAK-STAT 음성 조절자

고등학생CTLA4가 상위에 있는 이유

CTLA4는 T세포의 브레이크입니다. 활성화가 지나치지 않게 막는 역할이에요.

CTLA4를 끄면	일어나는 일
브레이크가 사라짐	활성화 신호가 억제 없이 퍼짐
활성화 유전자들이 올라감	파장이 큼
조건 의존적	자극이 있을 때만 — Rest에서는 조용

CTLA4는 실제 약의 표적이기도 합니다. 항암 면역치료에서 CTLA4를 막아 T세포를 풀어 주는 약이 쓰여요(/checkpoint).

스크린이 이미 아는 약 표적을 상위에 올려놓는 것은 좋은 신호입니다 — 양성 대조가 됩니다.

대부분의 교란은 적은 수의 DE 유전자를 내고, 극소수가 수천 개를 냅니다

Python 브라우저에서 실행

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# 실제 데이터를 반영한 분포 시뮬레이션
np.random.seed(42)
de_counts = np.concatenate([
    np.random.lognormal(mean=4, sigma=1.5, size=8000),
    np.random.lognormal(mean=7, sigma=0.8, size=2000),
    np.random.exponential(scale=1, size=1526)
]).astype(int)
de_counts = np.clip(de_counts, 0, 6000)

fig, ax = plt.subplots(figsize=(9, 4))
ax.hist(de_counts, bins=60, color='#1ABFB0', alpha=0.7, edgecolor='#0d1117')
ax.axvline(5920, color='#f85149', linestyle='--', linewidth=2, label='TADA2B (5,920)')
ax.axvline(1, color='#3fb950', linestyle='--', linewidth=2, label='CTLA4 (1)')
ax.set_xlabel('DE 유전자 수')
ax.set_ylabel('교란 수')
ax.set_title('11,526개 교란의 DE 유전자 수 분포 (Stim 8hr)')
ax.legend()
ax.spines[['top','right']].set_visible(False)
plt.tight_layout()
plt.show()

고등학생상위 목록을 읽는 순서

순서	확인할 것	강
1	세포 수가 충분한가	15
2	억제가 확인됐나	9
3	가이드끼리 일치하나	10
4	오프타깃 가능성은	16
5	어느 조건에서 나온 것인가	14
6	무엇이 흔들렸나 (수가 아니라 내용)	12·13

상위 목록은 순위표가 아니라 검사 대상 목록입니다.

🤔 확인 문제

TADA2B는 왜 이렇게 많은 유전자를 바꾸나요?

🤔 확인 문제

DE 유전자가 1개뿐인 CTLA4가 좋은 약물 표적인 이유는?